Чтобы ответить на заданный вами вопрос, да, вы можете использовать два разных файла конфигурации и изолировать их. Вы захотите убедиться, что кэши для поваренной книги находятся в разных папках, поэтому они не топают друг на друга, но в остальном это нормально.
Несвязанный с тем, что «они требуют разных версий для шеф-повара», вряд ли будет правдой. Chef-клиент 12 полностью совместим с Chef Server 0.9. Я думаю, и, безусловно, по крайней мере 0,10. Аналогичным образом Chef Server 12 совместим со всеми версиями chef-client, начиная с 0.9 и, возможно, ранее. Мы стараемся быть очень осторожными, чтобы избежать обратных программ несовместимых API, за исключением случаев, когда это абсолютно необходимо.
Почему вы хотите, чтобы один клиент управлялся более чем одним сервером шеф-повара? Пункт шеф-повара - это последовательность, и это звучит как сценарий, который выпрашивает несогласованность. –