R сохранение результатов из вложенного цикла for

Question

Я пытаюсь написать следующий цикл над эмпирическим набором данных, где каждый репликат ID имеет различное количество наблюдений за каждый период выборки. Любые предложения были бы высоко оценены!

a <- unique(bma$ID) 
t <- unique(bma$Sample.period) 

# empty list to hold the data 

dens.data <- vector(mode='list', length = length(a) * length(t)) 
tank1 <- double(length(a)) 
index = 0 
for (i in 1:length(a)){ 
    for (j in 1:length(t)){ 
    index = index + 1 
    tank1[index] = a[index] ### building an ID column 
    temp.tank <- subset(bma, bma$ID == a[i]) 
    time.tank <- subset(temp.tank, temp.tank$Sample.period == t[j]) 
    temp1 <- unique(temp.tank$Sample.period) 
    temp.tank <- data.frame(temp.tank, temp1) 
    dens.1 <- density(time.tank$Biomass_.adults_mgC.mm.3, na.rm = T) 
    # extract the y-values from the pdf function - these need to be separated by each Replicate and Sample Period 
    dens.data[[index]] <- dens.1$y 
    } 
} 

#### extract the data and place into a dataframe 

dens.new<- data.frame(dens.data) 
dens.new 
colnames(dens.new) <- c("Treatment","Sample Period","pdf/density for biomass") 
all<- list(dens.new) 
all 

### create new spreadsheet with all the data from the loop 

dens.new.data<- write.csv(dens.new, "New.density.csv") ## export file to excel spreadsheet 

Вызов dens.new < - data.frame (dens.data) Выход следующее сообщение об ошибке:

Error in data.frame(c(...) : 
    arguments imply differing number of rows: 512, 0 

Петля, кажется, работает для dens.data[[1]] но возвращает NULL для dens.data[[>1]]

Answer 1

Поскольку нет минимального примера, мне трудно угадать, как выглядит исходный data.frame. Однако, как и для сообщения об ошибке, то ясно, что ваш для контура не может присваивать значение списка dens.data для индексов больше чем 1.

моего предположения, что index не обновлялась по index = index + 1. Возможно, вы могли бы попробовать изменить знак равенства = на стандартный оператор назначения R <- и посмотреть, обновлен ли весь список.

Я слышал, что использование знака равенства для присваивания может вызвать некоторые проблемы в старой версии R, но я не уверен, сталкиваетесь ли вы с той же проблемой. Во всяком случае, использование <- для назначения значения всегда безопаснее и рекомендуется.