Я не понимаю ваш вопрос или мысли позади него. Теоретически можно добавить git-подмодули, но это не имеет никакого отношения к WordPress. WordPress не имеет значения, является ли это подмодулем git или нет.
Я уже использовал git-подмодули для WordPress Themes, и это не проблема.
Просто уточнить: wp-config.php - это файл, а не папка. Когда вы обновляете WordPress, очень важно, чтобы папка wp-includes и т. Д. Можно было записать. Если обновление не завершится ошибкой.
Если вы не хотите включать некоторые файлы в git, используйте файл .gitignore.
Можете ли вы объяснить, что вы действительно хотите достичь с помощью подмодулей?
Используйте файл .gitignore, содержащий корень папки config. –