R сценарий перестает работать, когда я не активно использую компьютер

Question

Я запускаю скрипт, который выполняет автоматическую выборку в обратном порядке на моделях glmer. Скрипт выполняет последовательные команды drop1(), автоматически удаляя предиктор с наивысшим значением p после каждого шага. Это очень трудоемко, поэтому я хочу оставить его на ночь, но R перестает работать, когда я покидаю компьютер.

Я бегу R 3.1.1 в Snow Leopard. Я уже установил Системные настройки, чтобы компьютер не спал, и я также предотвращаю сон, запустив «pmset noidle» в Terminal. Несмотря на все это, когда я оставляю свой сценарий для запуска, он молча останавливается примерно через 45 минут после моего последнего действия (в любом приложении) и молча возобновляет, когда я начинаю пользоваться компьютером снова утром. Я могу сказать приблизительно, когда скрипт активен, потому что он периодически печатает метки времени. Я вставил примерный фрагмент вывода в нижней части этого сообщения (в основном, так, чтобы люди могли видеть временные метки). Я признаю, что получаю некоторые предупреждения, связанные с подгонкой модели, но я уверен, что они не вызывают задержки на 7,5 часов!

Это случилось с кем-то еще? Любые предложения о том, как сохранить мой скрипт, пока я не в сети? Я новичок на сайте, поэтому, пожалуйста, дайте мне знать, какую дополнительную информацию я могу предоставить.

[1] "Wed Feb 25 21:31:59 2015" 
Single term deletions 

Model: 
Pref ~ Nut * Subfamily + Nut * Sex + Subfamily * Sex + DrinkDur + 
    TrialTime + holdDur + FeedOrder + (1 | SpCode/Indiv) 
       Df AIC LRT Pr(Chi)  
<none>   809.07      
DrinkDur  1 810.77 3.703 0.05433 . 
TrialTime  1 807.06 -0.011 1.00000  
holdDur  1 807.37 0.306 0.58036  
FeedOrder  1 810.24 3.172 0.07490 . 
Nut:Subfamily 32 820.47 75.404 2.315e-05 *** 
Nut:Sex  4 843.44 42.375 1.395e-08 *** 
Subfamily:Sex 8 809.06 15.995 0.04245 * 
--- 
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 

[1] "Now dropping TrialTime" 
[1] "Wed Feb 25 22:39:51 2015" 
Single term deletions 

Model: 
Pref ~ Nut + Subfamily + Sex + DrinkDur + holdDur + FeedOrder + 
    (1 | SpCode/Indiv) + Nut:Subfamily + Nut:Sex + Subfamily:Sex 
       Df AIC LRT Pr(Chi)  
<none>   807.06      
DrinkDur  1 808.72 3.665 0.05556 . 
holdDur  1 805.33 0.276 0.59950  
FeedOrder  1 808.19 3.134 0.07667 . 
Nut:Subfamily 32 818.18 75.125 2.523e-05 *** 
Nut:Sex  4 841.42 42.360 1.405e-08 *** 
Subfamily:Sex 8 807.18 16.125 0.04062 * 
--- 
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 
[1] "Now dropping holdDur" 
[1] "Thu Feb 26 00:39:02 2015" 
Single term deletions 

Model: 
Pref ~ Nut + Subfamily + Sex + DrinkDur + FeedOrder + (1 | SpCode/Indiv) + 
    Nut:Subfamily + Nut:Sex + Subfamily:Sex 
       Df AIC LRT Pr(Chi)  
<none>   805.33      
DrinkDur  1 806.85 3.519 0.06066 . 
FeedOrder  1 806.47 3.134 0.07667 . 
Nut:Subfamily 32 816.48 75.144 2.508e-05 *** 
Nut:Sex  4 839.69 42.357 1.407e-08 *** 
Subfamily:Sex 8 805.55 16.220 0.03934 * 
--- 
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 
[1] "Now dropping FeedOrder" 
[1] "Thu Feb 26 08:04:21 2015" 
There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50) 
Single term deletions 

Model: 
Pref ~ Nut + Subfamily + Sex + DrinkDur + (1 | SpCode/Indiv) + 
    Nut:Subfamily + Nut:Sex + Subfamily:Sex 
       Df AIC LRT Pr(Chi)  
<none>   806.47      
DrinkDur  1 808.10 3.636 0.05655 . 
Nut:Subfamily 32 819.11 76.647 1.574e-05 *** 
Nut:Sex  4 840.14 41.678 1.945e-08 *** 
Subfamily:Sex 8 806.69 16.222 0.03931 * 
--- 
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 
[1] "Now dropping DrinkDur" 
[1] "Thu Feb 26 09:48:59 2015" 
Single term deletions 

Model: 
Pref ~ Nut + Subfamily + Sex + (1 | SpCode/Indiv) + Nut:Subfamily + 
    Nut:Sex + Subfamily:Sex 
       Df AIC LRT Pr(Chi)  
<none>   808.10      
Nut:Subfamily 32 821.02 76.918 1.446e-05 *** 
Nut:Sex  4 842.05 41.944 1.713e-08 *** 
Subfamily:Sex 8 807.25 15.147 0.05635 . 
--- 
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 
[1] "Now dropping Subfamily:Sex" 
[1] "Thu Feb 26 10:02:58 2015" 
Single term deletions 

Model: 
Pref ~ Nut + Subfamily + Sex + (1 | SpCode/Indiv) + Nut:Subfamily + 
    Nut:Sex 
       Df AIC LRT Pr(Chi)  
<none>   807.25      
Nut:Subfamily 32 829.94 86.695 6.160e-07 *** 
Nut:Sex  4 849.83 50.576 2.737e-10 *** 
--- 
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 

Answer 1

Я не уверен, почему вы с этой проблемой, учитывая варианты, которые вы использовали, чтобы предотвратить компьютер в спящий режим (вы также отключить заставку?).

Давайте попробуем решить проблему, вместо того, чтобы понять, почему ваш компьютер входит в состояние ожидания или бездействия, несмотря на попытки предотвратить это с настройками.

Вот что вы должны сделать:

1. Открыть окно терминала (вы можете найти его в центре внимания)
2. типа screen для того, чтобы multiplexing screen program, что полезно для персистенции (используется в основном при удаленном подключении к Linux, но также полезно здесь)
3. Запустите свой сценарий в окне терминала, отредактировав следующую команду для вашего конкретного места установки и сценария R: /usr/bin/Rscript "/Users/usr/Documents/longscript.R"

Это должно сделать трюк. Если вы хотите быть более осторожным или у вас возникли проблемы, try running Caffeinate first.