Какой формат использовать для хранения графиков

Question

Я работаю над проектом, который включает в себя работу с графиками, извлеченными из какого-либо другого источника. В настоящее время мы используем модуль networkx python для анализа графика.

Теперь я столкнулся с задачей выбора формата для хранения графиков. Pickle, по-видимому, является хорошим выбором для чисто основанного на python решения. Однако мы сейчас находимся на стадии прототипирования, и есть большая вероятность, что нам придется переключиться на C++ для повышения производительности и масштабируемости.

Поэтому я хотел бы, чтобы мои графики хранились в формате, широко поддерживаемом большинством библиотек графов, чтобы свести к минимуму трудности, с которыми сталкиваются будущие авторы проекта.

Не могли бы вы дать мне какое-то предложение относительно того формата, который я должен использовать?

Answer 1

TGF - ваше решение. Пример

питон:

#!/usr/bin/python 

import fileinput, re 

depends = {} 
for line in fileinput.input(): 
    m = re.match('(.+):\s*(.*)',line) # find every depenency line of the form "<item>: <dependencies>" 
    if m: 
     item = m.group(1) 
     dependency_list = m.group(2) 
     print item,item # node definition 

     if dependency_list: # there are dependencies 
      depends[item] = dependency_list.split() # store the list into a dictionary for later 

print "#" # end of node list, start of edge list 

for item in depends: 
    for dependency in depends[item]: 
     print item,dependency # edge definition 

Answer 2

Я не сюр быть очень актуальна здесь, но бы не graph-based database сделать эту работу?

У вас есть пара опций, например Neo4j10 или AllegroGraph, и вы легко найдете пару привязок для python или любого другого языка, и большинство решений также предоставляют REST API в любом случае.

примечание что first link я представил не очень уточненный, в настоящее время существует много больше решений, а также API для Python доступны, даже если это написано, что это не на нем. Вы также можете посмотреть here (раздел Графические базы данных).

редактировать я обнаружил, что это может быть interresting, чтобы посмотреть на это, как хорошо, это, кажется, подходящий формат для обработки и хранения в виде графиков в любом стиле JSON или текст с разделителями:

• Geoff, The Easy Graph Format

Кроме того, вы можете захотеть взглянуть на здесь:

• Bulbflow, рамки Python для баз данных графа, которая использует язык запросов Gremlin и совместим с несколькими системами DB
• Gremlin, a graph traversal language (смотри также a presentation about Gremlin, the Bulb Gremlin API doc и the gremlin plugin for neo4j)