Почему read.table дает ошибку соединения во время выполнения в функции

Question

У меня есть данные, что выглядит как this:

Probes Gene.symbol some.kk.06 some.sp.06 some.ln.06 some.kk.06 some.sp.06 
1419083_at Tnfsf11 0 1.273 0.976 0 0.964 
1419318_at Saa4 1.134 0 0 1.916 0 
1442255_at --- 0 1.104 1.417 0 0.761 
1421025_at Agpat1 0 1.058 0.976 0 1.02 
1427071_at Fbxo42 1.094 1.012 1.137 1.589 1.308 

То, что я хочу сделать, это построить в dendogram на код ниже:

#!/u21/neversaint/.r/bin/Rscript 
library(gplots); 


plot.hclust <- function(inputfile,clust.height) { 


    dat.some <- read.table(inputfile,na.strings=NA, sep="\t",header=TRUE); 
    print(head(dat.some)) 


    rownames(dat.some) <- do.call(paste,c(dat.some[c("Probes","Gene.symbol")],sep=" ")) 
    dat.some <- dat.some[,!names(dat.some) %in% c("Probes","Gene.symbol")] 
    dat.some <- dat.some 

    # Clustering and distance function 
    hclustfunc <- function(x) hclust(x, method="complete") 
    distfunc <- function(x) dist(x,method="maximum") 


    # Select based on FC, as long as any of them >= anylim 
    dat.some <- dat.some[ apply(dat.some, 1,function(x) any (x >= anylim)), ] 
    nrow(dat.some); 


    # Clustering functions 
    height <- clust.height; 

    # Define output file name 
    dendoout <- paste("some.pafc.dendo.",anylim,".h",height,".default.pdf",sep=""); 

    # Compute distance and clusteirn function 
    d.some <- distfunc(dat.some) 
    fit.some <- hclustfunc(d.some) 
    str(fit.some) 

    # Plot the hierarchical dendogram without heatmap 
    pdf(file=dendoout,width=120,height=27); 
    plot(fit.some) 
    dev.off() 
} 

plot.hclust("http://pastebin.com/raw.php?i=i8XXxUu0",clust.height=3); 

Но он выводит сообщение об ошибке:

Error in read.table(inputfile, na.strings = NA, sep = "\t", header = TRUE) : 
    'file' must be a character string or connection 

Как я могу решить это?

Answer 1

Вы перекрывая общий метод для построения hclust объектов, назвав вашу функцию plot.hclust таким образом, что при вызове plot(fit.some) во второй последней строке функции, вы на самом деле рекурсивный вызов функции из внутри себя, но с fit.some как входной файл вместо URL-адреса или имени файла.

Именование вашей функции чем-то, кроме plot.hclust, должно решить проблему, с которой вы сталкиваетесь, так как тогда plot(fit.some) должно иметь предполагаемое поведение.