r - использование multcompLetters для добавления соединительных букв

Question

Надеюсь, есть кто-то, у кого есть 2 минуты, чтобы объяснить мне 2 вещи. У меня есть этот код, который я запускаю на довольно большом наборе данных. Его использование multcompLetters для добавления соединительных писем в мои ящики. У меня есть экспериментальная установка с 4 обработками и 2 генотипами, поэтому мой аов похож на y ~ Treat + Geno + Geno: Treat. Когда я запускаю код с обработкой (3df) или взаимодействием (7df), он все время работает нормально. Когда я запускаю его на Geno (здесь x), я получаю сообщение об ошибке.

Error in multcompLetters(t$x[, 1]) : Names required for t$x[, 1] 

И я действительно не могу понять, почему.

второй вопрос -

Что делает [4] означает в

groups2 <- multcompLetters(t$x[,4]) 

??

Код макет сделан для и:

#RGR ~ Geno boxplot 
y<-c(1,2,6,4,5,7,2,3,9,7,5,6,4,3,2,3,4,5,4,5) 
x<-c("no","yes","no","yes","no","yes","no","yes","no","yes", 
"no","yes","no","yes","no","yes","no","yes","no","yes") 
fit <- aov(y~x) 
summary(fit) 
t <- TukeyHSD(aov(fit)) 
t 
names(t) 
boxplot(y~x, data=For.R, ylim=c(0,10),xlab="Some", ylab="Else") 
tp <- extract_p(t) 
tp 
groups2 <- multcompLetters(t$x[,4]) 
lets <- groups2$Letters[c(4,1:3)] 
text(1:4, 95 ,lets) 

Спасибо.

Answer 1

Что такое multcompLetters Ожидает, является матрицей значений, потому что ожидается более одного сравнения. В ваших данных у вас есть только одно сравнение, yes vs no. Если вы посмотрите внутри t$x переменной, вы можете видеть эту матрицу:

t$x 
#  diff  lwr  upr p adj 
# yes-no 0.3 -1.631884 2.231884 0.747998 

Как правило, там будет много строк здесь. К сожалению, когда вы выбираете только одну строку из этой матрицы, все имена строк отбрасываются, а multcompLetters нужны имена. Например:

t$x[,4] 
# [1] 0.747998 # No names. 

Чтобы предотвратить это, вы должны добавить параметр к вашей подвыборке:

t$x[,4,drop=FALSE] 
#   p adj 
# yes-no 0.747998 # Names intact 

multcompLetters(t$x[,4,drop=FALSE]) # Works. 
# $Letters 
# yes-no 
# "a" 
# 
# $LetterMatrix 
#   a 
# yes-no TRUE