Фиксация узлов в igraph

Question

У меня есть ориентированный граф, где есть начальный и конечный узлы, и они определены так, что ни один узел не покидает конец, и ни один узел не входит в начало. В моем графике я хочу исправить начало узла в верхней части графика, а конец внизу - промежуточные узлы, находящиеся между ними. Как я могу это достичь?

> final_data_graph 
      (conversion) (start)  alpha  beta  delta  epsilon  eta  gamma  iota  kappa  lambda   mi  theta 
(conversion) 0.00000000  0 0.00000000 0.00000000 0.000000e+00 0.000000000 0.00000000 0.000000000 0.00000000 0.000000000 0.00000000 0.000000e+00 0.00000000 
(start)  0.00000000  0 0.03771482 0.14413063 8.571551e-05 0.006128659 0.18025972 0.013071615 0.47426392 0.002914327 0.03891484 4.285776e-05 0.10118716 
alpha   0.18078800  0 0.58092440 0.03215991 1.049263e-04 0.017732543 0.03667174 0.002675620 0.06395257 0.005666020 0.03242222 0.000000e+00 0.03840302 
beta   0.09504413  0 0.08766124 0.35022064 8.486083e-05 0.009164969 0.24753904 0.004327902 0.12075696 0.004752206 0.02274270 0.000000e+00 0.04760692 
delta   0.53333333  0 0.00000000 0.00000000 0.000000e+00 0.066666667 0.00000000 0.000000000 0.26666667 0.066666667 0.00000000 0.000000e+00 0.06666667 
epsilon  0.38628763  0 0.13991081 0.04347826 0.000000e+00 0.105351171 0.08193980 0.005574136 0.10200669 0.007246377 0.05128205 0.000000e+00 0.05351171 
eta   0.42928641  0 0.11002583 0.09969325 0.000000e+00 0.023167582 0.19058767 0.002421698 0.07402325 0.008072328 0.01840491 0.000000e+00 0.03535680 
gamma   0.28192371  0 0.14427861 0.05804312 0.000000e+00 0.021558872 0.08291874 0.066334992 0.15754561 0.018242123 0.05306799 0.000000e+00 0.09950249 
iota   0.23902022  0 0.06370199 0.04091585 1.102111e-04 0.009202623 0.03240205 0.001790930 0.53868408 0.004573759 0.02669863 5.510553e-05 0.03160302 
kappa   0.43064985  0 0.06886518 0.03685742 9.699321e-04 0.018428710 0.06498545 0.002909796 0.09602328 0.128031038 0.05431620 0.000000e+00 0.08244423 
lambda   0.34914361  0 0.08695652 0.02561850 5.855658e-04 0.020348412 0.02547211 0.002488655 0.07539160 0.034401991 0.31620553 0.000000e+00 0.04977309 
mi    0.00000000  0 0.25000000 0.00000000 0.000000e+00 0.000000000 0.00000000 0.000000000 0.50000000 0.000000000 0.00000000 2.500000e-01 0.00000000 
theta   0.13940821  0 0.17562196 0.07949360 1.472104e-04 0.025320183 0.07198587 0.004269101 0.13513911 0.019431768 0.20491683 0.000000e+00 0.12939791 
zeta   0.09929633  0 0.15871775 0.07427678 0.000000e+00 0.039874902 0.07974980 0.001563722 0.23612197 0.007036747 0.08444097 0.000000e+00 0.07271306 
        zeta 
(conversion) 0.000000000 
(start)  0.001285733 
alpha  0.008499029 
beta   0.010098439 
delta  0.000000000 
epsilon  0.023411371 
eta   0.008960284 
gamma  0.016583748 
iota   0.011241528 
kappa  0.015518914 
lambda  0.013614405 
mi   0.000000000 
theta  0.014868247 
zeta   0.146207975 

ig <- graph.adjacency(final_data_graph, mode="directed", weighted=TRUE) 

plot(ig,edge.label=round(E(ig)$weight,3),edge.width=.01,edge.arrow.size=.05,layout=layout.reingold.tilford(ig, root=which(V(ig)$name=='(start)')),vertex.color="white") 

Answer 1

Я предполагаю, что вы хотите построить свой график с начальным узлом в верхней части и заканчиваются в нижней части. Если это так, вы можете использовать layout.reingold.tilford, например. :

library(igraph) 

# example graph 
g <- graph.empty(directed = T) 
g <- g + vertices(c('D','A','E','F','C','B')) 
g <- g + edge('A','B') 
g <- g + edge('A','C') 
g <- g + edge('B','E') 
g <- g + edge('B','D') 
g <- g + edge('C','D') 
g <- g + edge('D','F') 
g <- g + edge('E','F') 

# create the layout specifying the root node (i.e. start) 
ly <- layout.reingold.tilford(g, root=which(V(g)$name=='A'),flip.y=T) 
# let's plot 
plot.igraph(g,layout=ly)