Rcpp :: Целочисленное создание Vector дает ошибку сегментации

Question

Некоторые примеры кода RCpp работают в RStudio. В C++ IDE возникают ошибки сегментации Qt Creator (SIGSEGV), несмотря на наличие свежих репозиториев, современного дистрибутива GNU/Linux и современной версии g ++.

Этот код прекрасно работает под RStudio, и дает мне ошибку сегментации в Qt Creator:

//main.cpp 
#include <Rcpp.h> 

int main() { 
    Rcpp::IntegerVector v(3); 
} 

Не только этот код, но и код, скопированный из тестовых наборов Rcpp, как, например:

DataFrame createTwo(){ 
    IntegerVector v = IntegerVector::create(1,2,3); 
     std::vector<std::string> s(3); 
     s[0] = "a"; 
     s[1] = "b"; 
     s[2] = "c"; 
     return DataFrame::create(Named("a")=v, Named("b")=s); 
} 

Я использую QMAKE создать Makefile и использовать код, предложенный Dirk Eddelbuettel и Ромен Франсуа, а также:

## -*- mode: Makefile; c-indent-level: 4; c-basic-offset: 4; tab-width: 8; -*- 
## 
## Qt usage example for RInside, inspired by the standard 'density 
## sliders' example for other GUI toolkits 
## 
## This file can be used across operating systems as qmake selects appropriate 
## values as needed, as do the R and R-related calls below. See the thread at 
##  http://thread.gmane.org/gmane.comp.lang.r.rcpp/4376/focus=4402 
## for discussion specific to Windows. 
## 
## Copyright (C) 2012 Dirk Eddelbuettel and Romain Francois 

## build an app based on the one headers and two source files 
TEMPLATE =  app 

## beyond the default configuration, also use SVG graphics 
QT +=   svg 

## comment this out if you need a different version of R, 
## and set set R_HOME accordingly as an environment variable 
R_HOME =  $$system(R RHOME) 
#message("R_HOME is" $$R_HOME) 

## include headers and libraries for R 
RCPPFLAGS =   $$system($$R_HOME/bin/R CMD config --cppflags) 
RLDFLAGS =  $$system($$R_HOME/bin/R CMD config --ldflags) 
RBLAS =   $$system($$R_HOME/bin/R CMD config BLAS_LIBS) 
RLAPACK =  $$system($$R_HOME/bin/R CMD config LAPACK_LIBS) 

## if you need to set an rpath to R itself, also uncomment 
RRPATH =  -Wl,-rpath,$$R_HOME/lib 

## include headers and libraries for Rcpp interface classes 
## note that RCPPLIBS will be empty with Rcpp (>= 0.11.0) and can be omitted 
RCPPINCL =  $$system($$R_HOME/bin/Rscript -e \"Rcpp:::CxxFlags\(\)\") 
RCPPLIBS =  $$system($$R_HOME/bin/Rscript -e \"Rcpp:::LdFlags\(\)\") 

## for some reason when building with Qt we get this each time 
## /usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include/Rcpp/module/Module_generated_ctor_signature.h:25: warning: unused parameter ‘classname 
## so we turn unused parameter warnings off 
## no longer needed with Rcpp 0.9.3 or later 
#RCPPWARNING =  -Wno-unused-parameter 

## include headers and libraries for RInside embedding classes 
RINSIDEINCL =  $$system($$R_HOME/bin/Rscript -e \"RInside:::CxxFlags\(\)\") 
RINSIDELIBS =  $$system($$R_HOME/bin/Rscript -e \"RInside:::LdFlags\(\)\") 

## compiler etc settings used in default make rules 
QMAKE_CXXFLAGS += $$RCPPWARNING $$RCPPFLAGS $$RCPPINCL $$RINSIDEINCL 
QMAKE_LIBS +=   $$RLDFLAGS $$RBLAS $$RLAPACK $$RINSIDELIBS $$RCPPLIBS 

## addition clean targets 
QMAKE_CLEAN +=  qtdensity Makefile 

## My personal additions  

QMAKE_CXXFLAGS += -Wall -Wextra -Weffc++ -std=c++11 
QT  += core 
QT  -= gui 
TEMPLATE = app 

SOURCES = main.cpp 

Обратите внимание, что я использую стандарт C++ 11 с флагом QMAKE_CXXFLAGS += -std=c++11. Удаление этого не решает проблему.

Как я уже сказал, код передает все тесты RStudio, но будет сбой в том же коде с ошибкой сегментации в Qt Creator. Все репозитории Rcpp свежи.

версия

My G ++ также новая версия под Lubuntu:

richel@druten:~/GitHubs/RibiLibraries$ g++ -v 
Using built-in specs. 
COLLECT_GCC=g++ 
COLLECT_LTO_WRAPPER=/usr/lib/gcc/i686-linux-gnu/5/lto-wrapper 
Target: i686-linux-gnu 
Configured with: ../src/configure -v --with-pkgversion='Ubuntu 5.2.1-22ubuntu2' --with-bugurl=file:///usr/share/doc/gcc-5/README.Bugs --enable-languages=c,ada,c++,java,go,d,fortran,objc,obj-c++ --prefix=/usr --program-suffix=-5 --enable-shared --enable-linker-build-id --libexecdir=/usr/lib --without-included-gettext --enable-threads=posix --libdir=/usr/lib --enable-nls --with-sysroot=/ --enable-clocale=gnu --enable-libstdcxx-debug --enable-libstdcxx-time=yes --with-default-libstdcxx-abi=new --enable-gnu-unique-object --disable-vtable-verify --enable-libmpx --enable-plugin --with-system-zlib --disable-browser-plugin --enable-java-awt=gtk --enable-gtk-cairo --with-java-home=/usr/lib/jvm/java-1.5.0-gcj-5-i386/jre --enable-java-home --with-jvm-root-dir=/usr/lib/jvm/java-1.5.0-gcj-5-i386 --with-jvm-jar-dir=/usr/lib/jvm-exports/java-1.5.0-gcj-5-i386 --with-arch-directory=i386 --with-ecj-jar=/usr/share/java/eclipse-ecj.jar --enable-objc-gc --enable-targets=all --enable-multiarch --disable-werror --with-arch-32=i686 --with-multilib-list=m32,m64,mx32 --enable-multilib --with-tune=generic --enable-checking=release --build=i686-linux-gnu --host=i686-linux-gnu --target=i686-linux-gnu 
Thread model: posix 
gcc version 5.2.1 20151010 (Ubuntu 5.2.1-22ubuntu2) 

Мой Дистрибутив:

richel@druten:~/GitHubs/RibiLibraries$ uname -a 
Linux druten 4.2.0-30-generiC#36-Ubuntu SMP Fri Feb 26 00:57:19 UTC 2016 i686 athlon i686 GNU/Linux 

Здесь я несколько построить трассировку стека, отладчик берет меня к уровню 3:

0 ??   0xb7d10668 
1 Rf_allocVector3   0xb7d11727 
2 Rf_allocVector   0xb7d023be 
3 Rcpp::Vector<13, Rcpp::PreserveStorage>::Vector Vector.h 129 0x804b214 <- Debugger takes me here 
4 main main.cpp 5 0x804ac40 

Критический фрагмент кода:

Vector(const int& size) { 
    Storage::set__(Rf_allocVector(RTYPE, size)) ; // <-- This line 
    init() ; 
} 

Что могло получиться не так?

Answer 1

Необходимо указать код, т.е. a minimally reproducible example.

Также отметим, что

• CMake и QMake официально не поддерживаются
• внесенной CMakefile в RInside Петр работал, когда он писал их
• ваш пост не делает это ясно, что вы на самом деле делаете ; вы не можете просто вставить Rcpp в свою основную программу.

Список rcpp-devel существует для более расширенного обсуждения, возможно, с более зрелыми глазами, чем вы можете получить здесь.

Answer 2

Я не уверен, но я бы поставил на то, что ошибка была в двоичных файлах библиотеки и объектных файлах, которые не синхронизировались.

Когда я попытался воспроизвести минимально воспроизводимый пример, я обнаружил, что мне нужно установить Rcpp из командной строки для компиляции кода C++ 11.

Затем я прекратил выпуск минимально воспроизводимого примера, чтобы подтвердить это, так как я начал работать над учебником с секцией C++ 11 и Rcpp (https://github.com/richelbilderbeek/travis_cpp_tutorial), из которых все примеры работают великолепно.