Установка пакета генома биокондуктора R

Я пытаюсь использовать инструмент, называемый seqplots, для анализа некоторых данных последовательности. Этот инструмент работает через биокондуктор и требует установки пакетов генома. Сайт Bioconductor дает следующие инструкции по установке:Установка пакета генома биокондуктора R

Чтобы установить этот пакет, начать R и введите:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6")`

Если я ввожу это в R терминале я получаю следующее:

BioC_mirror: https://bioconductor.org 
Using Bioconductor 3.2 (BiocInstaller 1.20.3), R 3.2.4 Revised (2016-03-16 
r70336). 
Installing package(s) ‘BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6’ 
installing the source package ‘BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6’ 

trying URL 'https://bioconductor.org/packages/3.2/data/annotation/src/contrib/BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6_1.4.1.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 34147677 bytes (32.6 MB) 
downloaded 32.6 MB 

'\\icnas4.cc.ic.ac.uk\gaughey' 
CMD.EXE was started with the above path as the current directory. 
UNC paths are not supported. Defaulting to Windows directory. 
* installing *source* package 'BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6' ... 
** R 
** inst 
** preparing package for lazy loading 
** help 
*** installing help indices 
** building package indices 
** testing if installed package can be loaded 
*** arch - i386 
Warning in library(pkg_name, lib.loc = lib, character.only = TRUE, logical.return = TRUE) : 
    there is no package called 'BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6' 
Error: loading failed 
Execution halted 
*** arch - x64 
Warning in library(pkg_name, lib.loc = lib, character.only = TRUE, logical.return = TRUE) : 
    there is no package called 'BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6' 
Error: loading failed 
Execution halted 
ERROR: loading failed for 'i386', 'x64' 
* removing '\\icnas4.cc.ic.ac.uk/gaughey/R/win-library/3.2/BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6' 

The downloaded source packages are in 
    ‘C:\Users\gaughey\AppData\Local\Temp\Rtmpcdmz8E\downloaded_packages’`

Я попытался установить другие геномы с аналогичными результатами, и я не понимаю, что делать, чтобы решить эту проблему. Может ли кто-нибудь помочь в этом? Очень возможно, что я пропускаю что-то простое - я полный новичок с R (или любое программирование в этом отношении). Я был бы очень признателен за любую помощь.

Спасибо, Gabriel

источник

2016-09-23 G. Aughey

Попробуйте обновить как свою версию R, так и биокондуктор. Я мог бы установить его без каких-либо проблем, и у меня есть «Использование Bioconductor 3.3 (BiocInstaller 1.22.3), R 3.3.1 (2016-06-21)», тогда как у вас есть «Использование Bioconductor 3.2 (BiocInstaller 1.20.3) R 3.2.4 Пересмотренный'. – Vandenman

Seens как та же проблема, описанная here, here и here.

У меня нет опыта использования R в машинах Windows, но надеюсь, что это может помочь.

источник

2016-09-24 11:28:57 taniguti

Спасибо за ваш комментарий. Да, похоже, проблема связана с тем, что R пытается использовать сетевой диск. –

К сожалению, хотя я теперь понимаю проблему, я не ближе к ее исправлению, поскольку кажется, что я слишком простенький, чтобы понимать решения в ваших ссылках! Похоже, для меня лучше всего использовать мою домашнюю машину для этого конкретного инструмента. –

Я рекомендую вам попробовать запустить biocLite("BSgenome") и library(BSgenome) (он хранит полные последовательности геномов данного организма) перед тем, как попробовать biocLite(pkgs = "BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38", dependencies = TRUE).

источник

2016-10-01 19:23:57 Facottons

Установка пакета генома биокондуктора R

ответ

Смежные вопросы