Не удалось установить пакет fOptions R на искровой кластер ec2

Question

Я развернул искровой кластер на ec2, используя сценарий spark-ec2. Я пытаюсь установить пакет «fOptions» R в Rstudio на хозяине, но я получаю следующие ошибки, в то время как install.packages() пытается установить степень, называемую «gss»

/usr/bin/ld: не может найти -lRlapack /USR/бен/л.д.: не может найти -lRblas

Warning: Label 23057 at (1) defined but not used 
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -I/usr/local/include -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -c smolyak.c -o smolyak.o 
smolyak.c: In function ‘eval’: 
smolyak.c:181:10: warning: variable ‘dummy’ set but not used [-Wunused-but-set-variable] 
smolyak.c: In function ‘calccoeff2’: 
smolyak.c:381:10: warning: variable ‘dummy’ set but not used [-Wunused-but-set-variable] 
smolyak.c: In function ‘fsum’: 
smolyak.c:418:10: warning: variable ‘dummy’ set but not used [-Wunused-but-set-variable] 
smolyak.c: At top level: 
smolyak.c:378:8: warning: ‘calccoeff2’ defined but not used [-Wunused-function] 
gcc -m64 -std=gnu99 -shared -L/usr/local/lib64 -o gss.so cdennewton.o cdennewton10.o dcoef.o dcore.o dcrdr.o ddeev.o deval.o dgold.o dmcdc.o dmudr.o dmudr0.o dmudr1.o dnewton.o dnewton10.o dprmut.o dqrslm.o drkl.o dset.o dsidr.o dsidr0.o dsms.o dstup.o dsytr.o dtrev.o gaussq.o hzdaux.o hzdnewton.o hzdnewton10.o llrmnewton.o reg.o smolyak.o -L/usr/lib64/R/lib -lRlapack -L/usr/lib64/R/lib -lRblas -lgfortran -lm -lquadmath -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib64/R/lib -lR 
/usr/bin/ld: cannot find -lRlapack 
/usr/bin/ld: cannot find -lRblas 
collect2: ld returned 1 exit status 
make: *** [gss.so] Error 1 
ERROR: compilation failed for package ‘gss’ 
* removing ‘/home/rstudio/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.2/gss’ 
Warning in install.packages : 
    installation of package ‘gss’ had non-zero exit status 

The downloaded source packages are in 
    ‘/tmp/RtmpGROBAw/downloaded_packages’ 

Есть еще много предупреждений тоже. Я также попытался yum установить liblpack3 libperl-dev, но я получаю еще одну ошибку - нет пакета libperl-dev, доступного и такого же для других пакетов.

Другие пакеты, такие как ggplot2, были успешно установлены, а некоторые образцы кода работают нормально на искровом кластере.

Есть ли какие-либо решения этой ошибки или какие-либо проблемы для установки fOptions и ее зависимостей?

Answer 1

Это багровая установка самого R.

Он считает, что он должен иметь внутренние LAPACK и BLAS (из-за «R» в Rlapack и Rblas), который затем автоматически будет частью той же установки R, но они отсутствуют. В «нормальной» системе Unix у вас есть

edd@max:~$ R CMD config LAPACK_LIBS 
-llapack 
edd@max:~$ R CMD config BLAS_LIBS 
-lblas 
edd@max:~$ 

и использовать системные версии LAPACK и BLAS. Если и при настройке R использовать свой собственный, он показывает (как здесь, в моем R-разви сборки)

edd@max:~$ RD CMD config LAPACK_LIBS 
-L/usr/local/lib/R-devel/lib/R/lib -lRlapack 
edd@max:~$ RD CMD config BLAS_LIBS 
-L/usr/local/lib/R-devel/lib/R/lib -lRblas 
edd@max:~$ 

, но и дает место. Поэтому вам нужно разобраться с версией RedHat R, которая у вас есть.