Matlab: Удаление повторяющихся взаимодействий

Question

У меня есть данные взаимодействия белка с белком homo sapiens. Размер матрицы равен < 4850628x3>. Первые две колонки - это белки, а третья - ее уверенный результат. Проблема состоит в половину строки повторяющиеся пары

, если белок А взаимодействует с В, С, D. он упоминается как

• AB 0.8
• переменного тока 0,5
• AD 0.6
• Б.А. 0.8
• СА 0,5
• Д.А. 0,6

Если вы будете наблюдать уверенную партитуру взаимодействующего с B и B, взаимодействующей с А 0,8

Если у меня есть матрица < 4850628x3> половина строки повторяющиеся пары. Если я выберу Unique (1, :), я могу потерять некоторые данные.

Но я хочу < 2425314x3> i.e без дубликатов пар. Как я могу сделать это эффективно?

Благодаря Naresh

Answer 1

предположив, что в вашей матрице хранить каждые белка с уникальным идентификатором.
(Например: A = 1, B = 2, C = 3 ...) ваш пример матрица будет:

M = 

    1.0000 2.0000 0.8000 
    1.0000 3.0000 0.5000 
    1.0000 4.0000 0.6000 
    2.0000 1.0000 0.8000 
    3.0000 1.0000 0.5000 
    4.0000 1.0000 0.6000 

Вы должны сначала sort две первые колонки построчно, так что вы всегда будете иметь белковые пары в том же порядке:

M2 = sort(M(:,1:2),2) 

M2 = 

    1  2 
    1  3 
    1  4 
    1  2 
    1  3 
    1  4 

затем использовать unique со вторым параметром rows и сохранить индексы уникальных пар:

[~, idx] = unique(M2, 'rows') 

idx = 

    1 
    2 
    3 

Наконец, отфильтруйте исходную матрицу, чтобы сохранить уникальные пары.

R = M(idx,:) 

R = 

    1.0000 2.0000 0.8000 
    1.0000 3.0000 0.5000 
    1.0000 4.0000 0.6000 

Et voilà!