Как экспортировать контуры, созданные в scikit-image find_contours, в shapefile или geojson?

Question

Я пытаюсь экспортировать результаты функции scikit-image.measure.find_contours() в качестве шейп-файла или geojson после запуска на спутниковом изображении.

Выход представляет собой массив, подобный (строка, столбец) с координатами вдоль контуров, которых много.

Как составить координаты различных контуров и экспортировать их в шейп-файл (можно установить соответствующую проекцию и т. Д.)?

Мой текущий код, где «маска» моя обработанное изображение:

from skimage import measure 
import matplotlib.pyplot as plt 

contours = measure.find_contours(mask, 0.5) 

plt.imshow(mask) 
for n, contour in enumerate(contours): 
    plt.plot(contour[:,1], contour[:, 0], linewidth=1) 

Answer 1

Что-то вдоль линий ниже, заимствовано из post первичного разработчика rasterio и fiona, должно работать, хотя я уверен, что вам нужно адаптировать немного больше. Он использует rasterio.features.shapes для определения смежных областей изображения, которые имеют некоторое значение и возвращают связанные координаты на основе преобразования растра. Затем он записывает эти записи в шейп-файл, используя fiona.

import fiona 
import rasterio.features 

schema = {"geometry": "Polygon", "properties": {"value": "int"}} 

with rasterio.open(raster_filename) as raster: 
    image = raster.read() 
    # use your function to generate mask 
    mask = your_thresholding_function(image) 
    # and convert to uint8 for rasterio.features.shapes 
    mask = mask.astype('uint8') 
    shapes = rasterio.features.shapes(mask, transform=raster.transform) 
    # select the records from shapes where the value is 1, 
    # or where the mask was True 
    records = [{"geometry": geometry, "properties": {"value": value}} 
       for (geometry, value) in shapes if value == 1] 
    with fiona.open(shape_filename, "w", "ESRI Shapefile", 
        crs=raster.crs.data, schema=schema) as out_file: 
     out_file.writerecords(records) 

---

Answer 2

Вы должны установить библиотеки Python geojson и работать с этим.

Для того, чтобы играть с координатами и пометить объекты, находящиеся на изображении, вы должны использовать библиотеку shapely.

Answer 3

@Cate вы могли бы использовать те row, column координат матрицы и построить их через http://scikit-image.org/docs/dev/api/skimage.draw.html#skimage.draw.polygon (заполняется многоугольник), http://scikit-image.org/docs/dev/api/skimage.draw.html#skimage.draw.polygon_perimeter (только периметр), или создать свой собственный полигон замышляет функцию на вершине http://matplotlib.org/api/patches_api.html#matplotlib.patches.Polygon.