Как получить частоту элемента в строке в фрейме данных r?

Question

У меня есть кадр данных, который выглядит как

GeneID person1 person2 ... person100 homo1 homo2 heter homo1count homo2count hetercount 
1  AA  AC   AA   AA CC AC  25   50  25 
2 ..... 
3 ..... 

Как я могу получить количество 25, 50, 25?

я пытался использовать в качестве применить

g <- function(df, AA) { 
    x = table(df) 
    AA = x[which(names(x) == df$homo1)] 
    } 
x = apply(temp,1,g) 

Но это не сработало, ФР $ homo1 всегда список

Спасибо!

Answer 1

Это проще, если вы сначала отформатируете длинный формат, а затем запишите. Что-то вроде этого:

require(reshape2) 
require(dplyr) 

g <- c('AC', 'AA', 'CC') 
n <- 30 

df <- data.frame(gene_id=1:30, person1=sample(g,n,replace=TRUE), 
           person2=sample(g,n,replace=TRUE), 
           person3=sample(g,n,replace=TRUE), 
           person4=sample(g,n,replace=TRUE), 
           homo1=sample(g,n,replace=TRUE), 
           homo2=sample(g,n,replace=TRUE), 
       stringsAsFactors=FALSE) 

df %>% melt(c("gene_id", "homo1", "homo2")) %>% 
     group_by(gene_id) %>% 
     summarise(homo1count=sum(homo1==value), 
       homo2count=sum(homo2==value)) %>% 
     merge(x=df) 

EDIT: Пример вывода:

gene_id person1 person2 person3 person4 homo1 homo2 homo1count homo2count 
1  1  AA  CC  AC  AA AC CC   1   1 
2  2  AC  AA  CC  CC CC AA   2   1 
3  3  AC  CC  CC  AA CC AA   2   1 
4  4  AC  AC  AC  AA AA AA   1   1 
5  5  CC  AC  AA  AC AA AC   1   2 
6  6  CC  AC  CC  CC AA AA   0   0 
7  7  AA  AA  AC  AA CC CC   0   0 
8  8  AA  AC  AA  CC AC CC   1   1