1
Я пытаюсь построить гистограмму с ошибкой и звездой значимости. Все идет хорошо, за исключением того, что звезда звезды падает на панель ошибок, которая выглядит странно. Можно ли настроить значение звезды по отдельности. Благодарю.Гистограмма с ошибкой в ggplot2
R код
dat <- read.delim("read_count1", header=T)
dat2 <- dat
dat2$condition <- factor(dat2$condition)
dat2$star <- ""
dat2$star[dat$p == .001] <- "*"
dat2$star[dat$p == 0.0001] <- "**"
ggplot(dat2, aes(x=group, y=value, fill=condition)) +
geom_bar(colour="black", stat="identity", position=position_dodge(),
size=.3,width=.5) + # Thinner lines
xlab("Condition") + ylab("Viral transcript count") + # Set axis labels
theme_bw() +
theme(legend.position=c(0.85, .9), legend.direction = "vertical",
legend.key.size = unit(4, 'lines'), legend.title=element_blank()) +
theme(axis.text = element_text(size=8), axis.title = element_text(size=8,face="bold")) +
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1)) +
geom_errorbar(aes(ymin=value-sd, ymax=value+sd),
width = 0.2, # Width of the error bars
position = position_dodge(-.5)) +
geom_text(aes(label=star), colour="red", vjust=0, size=5, position=position_dodge(.5)) +
scale_y_continuous(expand=c(0,0), limits = c(0, 13536400))+
scale_x_discrete("Viral gene")
Мои данные
condition value sd group p
1h 968738.666666667 131475.799527264 Capsid protein
1h 340500.666666667 48855.1227235521 Nucleic acid binding protein
1h 604250.666666667 100141.322860912 Triple gene block p1
1h 293140.333333333 48797.8510831505 Triple gene block p2
1h 91655.3333333333 20761.7967992497 Triple gene block p3
1h 3615029.33333333 635586.634090376 Replication polyprotein
4h 2787724 245341.698797819 Capsid protein 0.001
4h 971762.666666667 99832.8035483995 Nucleic acid binding protein 0.001
4h 2017158.33333333 107557.964732201 Triple gene block p1 0.0001
4h 949650 50649.2672306323 Triple gene block p2 0.0001
4h 286073.666666667 8140.5804051882 Triple gene block p3 0.0001
4h 11525318.6666667 1425912.09504525 Replication polyprotein 0.001
Могли бы вы dput() ваши данные, чтобы было легче читать? – BarkleyBG
Моя первая мысль заключается в том, что если вы увеличили верхний предел оси y, звездочка может поместиться выше допустимых баров ошибок. (Вы также можете переместить легенду в верхний левый верхний правый) – BarkleyBG
Вы отображаете позицию y вашего текста в 'value'. Если вы сопоставляете его с 'value + sd', вы начнете со всех звезд в верхнем пределе баров ошибок, а не в верхней части панели. – aosmith