Использование фрейма данных pandas для подбора данных для графика

Question

Вот несколько примеров моих данных, прежде чем я начну объяснять.

PP04-O3N2SNpos log(O/H) + 12 positive error! negative error! nuclear metallicity NED calculated virgo infall distance in Kpc 
    9.04       0.24   -0.09    -     - 
    8.76       0.17   -0.02    -     4.61 
    8.92       0.04   -0.04    9.03    2.97297 
    9.22       0.04   -0.04    -     8.24493 
    8.78       0.44   -0.24    9.23    10.25775 
    8.96       0.07   -0.2    9.05    7.2698 
    8.78       0.03   -0.03    8.48    2.02958 

Так pp04 является Металличность на NED вычисленной расстоянии от центра и ядерной металличности является Металличность в центре. Я пытаюсь выяснить, есть ли какое-то уравнение, если бы я знал ядерную металличность и расстояние от центра, я мог бы выяснить PP04. Это будет выглядеть так:

'PP04' - 'nuclear metallicity' = distance * gradient 

где градиент - это то, что я ищу.

Для этого я написал код, чтобы соответствовать всем данным, поэтому ядерная металличность равна нулю, а затем я могу решить для градиента и нарисовать график, но у меня есть несколько проблем с моим кодом.

import matplotlib.pyplot as plt 
import pandas as pd 
from pandas import * 
from matplotlib import * 
import traceback 
import numpy as np 

#import data into a pandas dataframe called df 
df = pd.DataFrame.from_csv('Combined data.csv') 
df = df.dropna() 
#drop the nulls 
print df 
y = df['PP04-O3N2SNpos log(O/H)+12'] - df['nuclear metallicity'] 
yerr = np.array([(df['negative error!'],df['positive error!'])]).T 
x = df['NED calculated virgo infall distance in Kpc'] 
intercept, gradient = np.polyfit(x,y,1) 
print(intercept,gradient) 

#to make a graph using the data 
plt.errorbar(x,y,yerr,fmt = 'r-') 
plt.xlabel('Distance from center in kpc') 
plt.ylabel('PP04-O3N2SNpos log(O/H)+12') 
plt.title('Central metallicity vs SN metallicity') 
plt.show() 

Другая ошибка я получаю это один

TypeError: cannot concatenate 'str' and 'float' objects 

Я действительно новичок в Python, так что я уверен, что есть и другие вещи неправильно с моим кодом, и если вы можете помочь с этим тоже было бы оценили. Я не уверен, правильно ли я написал строчные данные, но я не могу проверить другие ошибки. Пожалуйста, дайте мне знать, если вам нужна дополнительная информация и спасибо в продвинутом виде за помощью.

EDIT: Я использовал помощь ниже, чтобы изменить свой код, так что теперь его использование

pd.read_csv('Combined data.csv').dtypes 
pd.read_csv('Combined data.csv',na_values = '-').dtypes 
df = pd.read_csv('Combined data.csv',na_values = '-') 

Но теперь я получаю ошибку

TypeError: unsupported operand type(s) for -: 'float' and 'str' 

Вот это отслеживающий.

Answer 1

Если у вас действительно есть дефис в вашем файле, то они, вероятно, предотвратить pandas признать столбцы как числа. Вы можете сказать ему, чтобы лечить дефис, как NaN подменяет, используя na_values параметр read_csv:

In [1]: import pandas as pd 

In [2]: %cat test.csv 
a,b 
0,- 
-,1 

In [3]: pd.read_csv('test.csv').dtypes 
Out[3]: 
a object 
b object 
dtype: object 

In [4]: pd.read_csv('test.csv', na_values='-').dtypes 
Out[4]: 
a float64 
b float64 
dtype: object 

In [5]: pd.read_csv('test.csv', na_values='-') 
Out[5]: 
    a b 
0 0 NaN 
1 NaN 1