Perl - странствовать через файл

Question

У меня есть файл подобного:

>Sequence1 
AAAAASSSSSSSSDDD 
BBHSHSJSKJSKJSSS 
SJKÑLSDJFSLSLJKS 
>Sequence2 
AAASSSSSSSSSSDDW 

до 55 последовательностей.

мне нужно сохранить каждую последовательность (например AAAAASSSSSSSSDDD в другую переменную Таким образом, я должен создать столько переменных, сколько последовательностей имеет свой файл

До сих пор у меня есть:..

#!/usr/bin/perl 

while (<>) { 
    if (/^>/) { 
     $count++; 
     next; 
    } 
} 

print $count;  #It prints 55. 

Как следует Я по-прежнему? Я потерял создавать динамически переменные ...

Answer 1

Я хотел бы использовать хэш так:

my %sequences; 
my $key; 
while (<>) { 
    chomp; 
    if (/^>(\w+)/) { 
     $key = $1; 
     next; 
    } 
    $sequences{$key} = $_; 
} 

Последнее предложение может быть:

$sequences{$key} .= $_; 

Вы также можете использовать хэш-массива:

my %sequences; 
my $key; 
while (<>) { 
    chomp; 
    if (/^>(\w+)/) { 
     $key = $1; 
     next; 
    } 
    push @{$sequences{$key}}, $_; 
} 

Answer 2

инструмент вам нужно для работы, называется массив См. perldata для документации.

my $count = -1; 
my @sequences; 

while (<>) { 
    if (/^>/) { 
     $count++; 
    } else { 
     $sequences[$count] .= $_; 
    } 
} 

Вы используете Bio::Perl?

Answer 3

использования такой массив:

#!/usr/bin/perl 

my @sequences; 
while (<>) { 
    if (/^>/) { 
     $count++; 
     next; 
    } 
    else 
    { 
     chomp $_; 
     push @sequences, $_; 
    } 
} 

print $count;  #It prints 55. 

Теперь у вас есть массив со всеми вашими последовательностями, упорядоченными и всеми.