Как вы отметили, git (намеренно) не отслеживает пустые каталоги (ну, действительно, каталоги). Вот (довольно длинный, но интересный), прочитанный на эту тему, если вы заинтересованы: How can I add an empty directory to a Git repository?. В нем есть интересная ссылка на статью самого Линуса Т., почему это не должно происходить.
BTW - Я надеюсь, что файл .gitignore был в вашем каталоге .meteor? Цель состоит в том, чтобы не загрязнять ваше git-репо локальным хранилищем MongoDB, которое создает и использует метеорит по умолчанию. Это может стать большим!