Выполнение последовательности логических логических групп

Question

Я выполняю имитацию белково-белковых взаимодействий. Я использую Python для кодирования логических ворот как функций моделирования взаимодействия белков. Моя модель в основном представляет собой группу групп (g0 - g4), содержащую логические ворота (см. Изображение). Первоначально я установил list, содержащий мои группы, а затем для каждой группы dict, который содержит белки (узлы) с их начальными значениями (их так называемые seedValues, которые являются начальными параметрами для сети на t=0).

Мой вопрос заключается в следующем: есть ли какой-то способ переборе моих групп (и их функции логика ворот), который начинается в группе 0 (g0 в образе) в t, и что в t=t+1 выполняет группы g0 и g1, затем выполняет три группы g0, g1 и g2 по адресу t=t+2 и т. д. до t=m, где m - количество итераций, которые хотели?

Уточнение: Возможно, я не знаю. Моя проблема заключается в следующем: скажем, что я пишу функцию, которая проходит через мои группы, по одному за раз. Она начинается в g0 в момент времени t=0 и выполняет, хранит и выводит все ворота в этой группе, а также все ворота «вперед» по себе (g1 к g4). Когда это будет сделано, функция отметит время на один шаг вперед (t=t+1) и отправится в g1 и снова выдает результаты, включая вывод групп g2 в g4. Теперь возникает ошибка: для точной модели мне нужно выполнить g0 в тоже время t=t+1, до шаг программы g2. Как я могу сделать вывод своей программы такими последовательными «волнами» исполнения? Я думаю, мне, возможно, придется использовать ретрансляцию , но я не знаю, как это сделать.

См. Пример изображения того, что я имею в виду под «группами» here. заметки Изображение: и B переключатели (программа должна изменить их, как способ изучения возмущений), C постоянная (не изменяется). J - выход (главным образом для шоу). D и F построены таким образом, чтобы колебаться, когда = 0.

Я искал для этого на Stack бирже и переполнение стека; в то время как я вижу много вопросов, которые касаются моей области интереса (1, 2), я не вижу никаких определений, которые я определяю конкретно для решения моих проблем. Спасибо за ваше время.

Answer 1

Кажется, что ваша проблема сводится к паре вложенных циклов. Если вы поместите все группы в список с именем gx, и вы увеличиваете время t в шагах от 0 до некоторого значения tmax, это похоже на это в Python ...

for t in range(tmax): 
    for i in range(t): 
     nodeExecute(gx[i]) 

Каждый раз, когда вы увеличиваете t, еще одна группы получает выполняются в дополнении ко всем предыдущим. Извиняюсь, если я еще не понял.

Answer 2

Для цифрового моделирования, управляемого событиями, или discrete event simulation, в качестве базовой структуры данных часто используется «временное колесо» или «колесо синхронизации». Колесо в основном представляет собой массив, в котором каждый элемент указывает на список или динамический вектор имитируемых событий, которые имеют одинаковое значение для «колесо в режиме времени».

Timewheel, как показано here:

timewheel является более эффективным, чем priority queue, который также может быть использован для обработки событий моделирования в порядке возрастания их временных меток.

Псевдо-код событийного логического моделирования:

t = tStart 
While (t < tEnd) { 
    process all events scheduled for t and schedule follow-up events 
    schedule events from signal sources 
    t = t + 1 
} 

Для обработки группировки ворота, вы могли бы рассматривать каждую группу в качестве супер-ворот с несколькими выходами. Возможно, потребуется смоделировать различные задержки задержки в данной группе ворот.

Вместо того, чтобы писать свой собственный симулятор, вы можете описать свою схему в Hardware Description Language, например Verilog, и использовать ready-made simulator.