По какой-то причине href с классом RemoveSpell после нажатия выполняется снова на a.AddSpell. Вы можете проверить эту проблему здесь http://89.69.172.125/cms2.0/Якорь выполняет различную функцию, назначенную
$(document).ready(function(){
championNumber = 1;
$('a#AddChampion').on('click',function(){
$('div#ChampionInput').append(
'<div class="Champion">\
<a href="#" class="Remove">Remove</a>\
<br>\
<input type="text" class="ChampionInput" name="champion[]" placeholder="Champion '+championNumber+'">\
<a href="#" class="AddSpell">Add Spell</a>\
<br>\
<div>');
championNumber++;
});
$('div#ChampionInput').on('click', 'a.Remove',function(){
$(this).parent('div.Champion').remove();
});
$('div#ChampionInput').on('click', 'a.AddSpell',function(){
$(this).append(
'<div class="Spell">\
<br>\
<input type="text">\
<a href="#" class="RemoveSpell">Remove Spell</a>\
</div>\
');
});
$('div#ChampionInput').on('click', 'a.RemoveSpell',function(){
});
});