У меня есть каталог с 94 подкаталогами, каждый из которых содержит один или два файла *.fastq. Мне нужно применить одну и ту же команду python к каждому из этих файлов и создать новый файл qc_*.fastq., применяя ту же команду к нескольким файлам в нескольких подкаталогах
Я знаю, как применить Баш скрипт индивидуально для каждого файла, но мне интересно, если есть способ, чтобы написать Баш скрипт, чтобы применить команду ко всем файлам сразу
Использование найти:
find . -type f -iname "*.fastq" -exec python script {} \;
.: самый верхний каталог
-type f: только файлы
-iname "*.fastq": имя файла заканчивается на .fastq (регистр нечувствителен)
-exec python script: Команда, которую вы хотите выполнить.
Удивительная благодарность! команды find отлично работают, но есть ли переменная python, которую я могу использовать для добавления префикса qc_ в выходной файл? – wrutter
Это, очевидно, будет зависеть от того, что делает ваш скрипт python. Возможно, вы сможете просто выполнить скрипт -exec python {}> qc_file.fastq \; '. – nanny
На самом деле выше не будет работать для того, что вы хотите. Это будет зависеть от вашего скрипта. – nanny
Вы можете попробовать find . -name "*.fastq" | xargs your_bash_script.sh, которые используют find, чтобы получить все файлы и применить сценарий к каждому из них.
Непонятно, как вы думаете, что это будет выглядеть. Вы имеете в виду, что вы запускаете скрипт bash в каталоге верхнего уровня, который перемещается вниз в подкаталоги? – ABMagil