Существует, в основном, 2 подхода: один, как уже описано: использование таких инструментов, как Launch4j, WinRun4J для создания собственных пусковых установок Windows.
Другим подходом, который кажется лучше, является использование Apache Procrun для переноса приложения Java как службы Windows. Во время процесса установки службы мы можем предоставить процессу значимое имя, например, OurApp.exe.
Все, что нам нужно сделать, это переименовать prunsrv.exe в наш файл OurApp.exe и заменить каждое возникновение prunsrv.exe в нашем установочном | start | stop | удалении скриптов службы на MyApp.exe.
Смотреть больше от Using Apache Procrun to Rename Process Name of a Java Program in Windows
Я задал подобный вопрос: http://stackoverflow.com/questions/1057247/how-can-i-set-the-process-name-for-a-java-program – Mnementh