питона 2.7 чтения файл с большой линией

Question

У меня есть файл FASTA, и я хочу, чтобы напечатать только последовательность

f = open ("NC_007970.fas",'r') 
for line in f: 
    print line 

он печатает только первую строку > NC_007970

Я думаю, что проблема из файла Fasta сам он состоит из первой строки с «>», а вторая строка представляет собой последовательность и никаких новых линий в самой и ее длина последовательности не о 19000 символов

> NC_007970 
GTTATTGTAGCTTACACTAAAGCATGGCACTGAAGTTGCCAAGATGGGTAATCAAAATACCCCAAAAACACAAAGATTTGGTCCTAACCTTACTGTTACTTTTTGCTAAAATTACACATGCAAGTATCAGCATACCAGTGAAAACACCCTAGCAATCCTATTAGACAAAGGAGCCGGTATCAGGCACACCATGATAGCCCAAGACACCTAGCTTTGCCACACCCCCAAGGGCATTCAGCAGTGATAAAAATTAAGCAATAAGCGCAAGCTCGACTTAATTATAGCAAACATAGAGCTGGCCAATCTCGTGCCAGCCGCCGCGGTTATACAAGAAGCCCAAACTAACAGACAACCGGCGTAAAATGTGGCTAAAAATTTATCTACAAAATTAAGGCGAACCTACAACTTAACTGTTATACGCAAGTACACATTAATACATTATGAAAATAACCTTAACACAATAGAACTATTTGAACCCACTATCGCTAAGGCACAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTCAGCCCTAAACTTAGATATTTACTTACAATAATATCCGCCAGAGAACTACGAGCCCAAACGCTTAAAACTCTAAAGACTTGGCGGTACCTCAACCTCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAATCCACGATCTACCTCACCATCCCTTGTCAATTCAGCCTATATACCACCGTCATTAGCTTACCCTGTGAAGGGTACCAAGTAAGCAAAATAACCTAAACAACTAGCAAGTCAGGTCAAGGTGTAGCTAACTGAGATGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTTTATTAGAAATCACTTAACAGAAAGGACCATGAAATAAGTCCCATAAGTAGGATTTAGCAGTAAACTGGGAACAGAGAGCCCAATTTAAGTCGGTCCTGAGGTGCGCACACACCGCCCGTCACCCTCCTCAAATAATCCTTAAGCATAGATAAACCACAACAAACAAATAGATGAGGCAAGTCGTAACAAGGTAAGTGTACCGGAAGGTGTACTTGGAACATCAAAATATAGCTTATCAAAAGCACTCAGCTTACACCTGAAAGTTGTCCATTAAAATCGGATTATTTTGAGCAACTACCTAGCCCAACTAATAAATATAAAACCCAACAAACAAATTATCCTACCAATAAATCAACTAAAACATTTTACCATCATAGTATAGGAGATAGAAAAGATAATTGGAGCTATAAAGACAGTACCGCGAGGGAAAGATGAAAAACATGAAACACTCACCAAGCCAGAAAAAGCAAAGATTAACTCTTGTACCTTTTGCATCATGATTTAGCCAGTACATCCAAGCAAAGAGAACTAAAGTCTGAACTCCCGAAACCAAATGAGCTACTTAAAGGTAGCCTATACCACCATGGGCTAAATCCGTCTCTGTGGCAAAAGAGTGGAGAAACCTTTAAGTAGAGGTGAAAAGCCTAACGAACCTGGTGATAGCTGGTTGCTCAACAAAAGAATATCAGTTCAACCTTAAACCTCCTAACCTAACAACTTTGAAGTAATAGAAGAGAAGTTTAAGATATATTCAACAGGGGTACAGCCCTGTTGAAAAAGGGTACAACCTAAAATGCAGGACAAAACATCAAAGCAAGACCACAGTAGGCCTTAAAGCAGCCATCTCCAAAGAAAGCGTCAAAGCTCACTACAATTAATATCAACACAATTTTTTTCCCCTAAACAACATTGAGCTATTCTATCACCATAGAAGAACTAATGCTAAAATGAGTAACAAGAAGACGAAACTTCTCTTCCGCGCCAACTTAAATCATAATAGATAAACTACTGATTATTACAACCAATATTATAAGATCAACAGTACTTAATACACCATATAAACCCAACTGTTAACCCAACACAGGAGCGCACACAAGAAAGATTAAAATTTGTAAAAGGAACTAGGCAAACATTGAGCTCGACTGTTTACCAAAAACATAGCCCCTAGCAACAATAAGTATTAGGGGTAATGCCTGCCCAGTGACACTGTTCAACGGCCGCGGTATCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCACTTGTCTTTTAAATAAGGACTAGAATGAACGGCTAAACGAGGTTCTACCTGTCTCTTACAAATAATCAGTGAAATTGGTCTTCCAGTGCAAAACCTGGAATAAAAATATAAGACGAGAAGACCCTGTGGAACTTTAAATACAAATCAATCTATTATTCATACCCACCCACGATGGTTTATCACCAATTAGCACATTGATCCATATTTTCGGTTGGGATGACCTCAGAGTAAAATTAAACCTCTGAACAAAGAACACACCTCCAAACCTAGACCCACCATTCAAAGTGCTTACAGCAAAATGATCCAATACACTTGATCAACGAACCAAGCTACCCCAGGGATAACAGCGCAATCCTATCCTAGAGTCCCTATCGACGATAGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACATCCTAATGGTGTAACCGCTATCAAGGGTTCGTTTGTTCAACGATTAATAGTCCTACGTGATCTGAGTTCAGACCGGAGTAATCCAGGTCGGTTTCTATCTATAAATGGGCTTTTTCTAGTACGAAAGGACCGAAAAGACAAGGCCTATTTTTAAAAACAAGCCTTACCTTATATTAGTGAAAGCAACTTAACTAATAATAAGGACAAACCATTTAACCCTAAAAAGGGGTTATTGAGGTGGCAGAGCCTGGTACAAAAGGCCTAAGCCCTTTACTCAGGGGTTCAAATCCCCTCCCCAATAATGAAAGCCCTATTATCAAACCTAATATCCCCACTTATATATATAATCCCAGTCTTAATTGCTGTAGCTTTCTTTACCTTAATTGAACGGAAAACTTTGGGATACATACAACTCCGAAAAGGCCCAAACATCGTAGGACCATGTGGACTTTTACAACCTGTAGCTGATGGTGTAAAACTATTTATTAAGGAACCAGTGTACCCATCAAACTCATCAACTATACTATTTACACTATCACCAATCCTAGCTCTACTACTATCTTTATCAGTCTGACTTCCACTGCCTCTACCATTTCCACTAGCCGACTTAAACCTAGGCCTCCTATTCCTAATTTCAATATCCAGCTTCATAGTTTACTCCATCTTATGATCTGGCTGAGCTTCAAACTCCAAGTACGCCTTAGTAGGGGCACTCCGGGCAGTAGCCCAAACTATCTCATACGAAGTAACCCTAGGAATCATCCTACTCTCCCTAATCCTATTCTCAGGCGGATTCAACATACAAACATTTATAACAACGCAGGAACCTGCGTACCTGATATTCTCATCCTGACCTTTAATAATAATATGGTATATCTCCACATTAGCAGAAACAAATCGAGCACCATTCGACCTTTCCGAAGGAGAATCTGAACTCGTATCAGGGTTTAACGTTGAATACGCCGCCGGCCCATTCGCCCTATTCTTCCTAGCAGAGTACGCTAATATTCTGATAATAAACACCCTCACCACTATCCTATTCCTGAATCCATCCCATATTAACAACACCCCCGAACTATTTTCATTATCATTAGTATCAAAAATAATACTACTCTCAGTAGGATTCCTATGAATCCGCGCCTCATACCCGCGATTCCGATATGACCAGTTAATACACTTATTATGAAAAAACTTCCTCCCTATTACCTTAGCAATGTGCCTCTGACATATATCTATGCCAACTGCCTTCTCGGGGCTACCACCGATGTTATAGGATACGTGCCTGAAATTAAAGGATCACCTTGATAAGGTGAATCATAGAGGCTAAACCCTCTCGTCTCCCTAAAAGAAAGCACCTTTACCTATAAATAACAAAATCCTATACCTGTATATTACTGTACTGAATTCATAAATTACACTACACACAATATTATCTAACCACAAATTAACACTCCATAAACCACTACATTAAAAATACAATATAGTACTATAACAGCATAACCCTTTATAAAATACCCTACAACCCATTTATAACATATATTATGAAATAAACTACCCCTTATTAAAATTACTAACAACTTCTCATAACAAACTACACAAAATCAAGCCAATATATCTTAATTTCTCGACTACAAACAATTTACCAACGTATTATCCCGTTACTTCCATAAATACACAATCCTTTTACCTAACAAACAAATTAAAACCAATTACCCTAACAGCAAAAAACACCAATATTCATCAAAAACCCCAACATATCTGAAAAATAAACTCCCTATTGTACTATTATAGGACCTAAAATACCCAAAACCCCTTTAGGTCAATATAGTTTAAAACAAACATTAGACTGTGATTCTAAAAATAGGAGTGTAAATCCCCTTATAGACCAAGAGAGATCCAACAGTAAGAACTGCTAATTCTTATACCTGAGACTAACACCTCAGCTCCCTTACTTTTAAAGGATAGAAGTAATCCACTGGTTTTAGGAACCATAAACCCTTGGTGCAACTCCAAGTAAAAGAACATGCCAACACCCCCACTGTTAGCCTTAACACATTTTATGACCCTAGCTATCCTGCTAGTTCCACTAGTAATCTCTATACTCACTACAAAAGTGTGAATTATTGAAAAGACAAAAACATCCGTGAAAACAGCGTTTTTTACCTCCATACTATCATTTCTCCTCTTTAAAGCTGAGTCCACCCCTTTCATAGTAATAGACTATAACCTATTAAGCACATCAACCTTCTATGTAAAGCTTAACTTTAAATTTGACCTATACTCCATACTATTTACACCAGTTGCCTTATACGTCTCATGATGTATTTTAGAGTTTTCACAATGATACATAGACAAAGACCCCTATCCCTCAAAATTCGCCAAATACCTACTAACCTTCATTATAGCTATAATAATCCTAGTATCAGCTAATAACCTACTCCTATTTTTTATTGGTTGGGAGGGGGTAGGAATCCTATCCTTCCTCCTAATCGCATGATGGCGAAACCGACCAAACACGAATACATCAGCC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

Как получить последовательность из такого файла?

Answer 1

AWRAM, могу я посоветовать вам проверить комплект BioPython?

Конкретный код, который я хотел бы использовать, чтобы делать то, что вы пытаетесь сделать, будет выглядеть следующим образом:

from Bio import SeqIO 

file = open('NC_007970.fas', r) 
for record in SeqIO.parse(file, "clustal") : 
    print record.seq 
file.close() 

BioPython будет анализировать каждый файл FASTA в качестве итератора объектов SeqRecord, из которого вы можете запросить для каждого SeqRecord, и использовать его для манипулирования другими вещами.