Рабочие задания R на SLURM, работающие только на одном узле

Question

Несмотря на упоминание имени задания, раздела и узла, на котором должно выполняться задание, R все еще работает на вычислительном узле 01 без переноса на другие узлы. Я представляю сценарий ниже, любая помощь приветствуется:

!/bin/bash 
#SBATCH --job-name=10/0.30 
#SBATCH --nodes=1 
#SBATCH --ntasks-per-node=16 
#SBATCH --partition=debug 
#SBATCH --exclude=compute[23,31-33,40] 
#SBATCH --nodelist=compute[07] 

echo "program started" 

cd /home1/ASP/sourav/coarse_grained_simulations/10/0.30 

sbatch /home1/ASP/R-3.3.1/bin/R CMD BATCH --no-save --no-restore test_dcd.R test_dcd.out 

При управлении squeue, чтобы получить список запущенных заданий:

  12169  nnvi  R  ASP R  7:08  1 compute01 
     12172  nnvi  R  ASP R  5:03  1 compute01 
     12175  nnvi  R  ASP R  3:26  1 compute01 
     12177  nnvi  R  ASP R  0:02  1 compute01 

Answer 1

Вы должны запустить sbatch проходящее сценарий в качестве параметра, не внутри скрипта.

Таким образом, вместо бега:

sbatch /home1/ASP/R-3.3.1/bin/R...

вы должны запустить:

sbatch myscript.sh

Кроме того, если вы хотите использовать несколько процессоров в работе, вы должны использовать --cpus-per-task=16 вместо --ntasks-per-node. --ntasks и --ntasks-per-node используются для приложений MPI. Для получения дополнительной информации о параметрах проверьте man-страницу sbatch.