Необязательный параметр Python?

Question

мне нужно создать программу под названием extractGenes.py

командной строки параметры должны принять 2 или 3 параметра:

1. -s является необязательным параметром, или переключатель, указывающий, что пользователь wwants сплайсированную последовательность генов (интроны удалены). Пользователь не должен предоставлять это (то есть он хочет всю последовательность генов), но он действительно обеспечивает его, то он должен быть первым параметром

2. входной файл (с генами)

3. выходной файл (где программа будет создавать для хранения файла Fasta

файл содержит такие строки:

NM_001003443 chr11 + 5925152 592608098 2 5925152,5925652, 5925404,5926898, 

Однако, я не конечно, как включить необязательный параметр -s в функцию запуска.

Так что я начал с:

getGenes(-s, input, output): 
fp = open(input, 'r') 
wp = open(output, "w") 

, но не уверен, о том, как включить -s.

Answer 1

Этот случай достаточно прост в использовании sys.argv непосредственно:

import sys 

spliced = False 
if '-s' in sys.argv: 
    spliced = True 
    sys.argv.remove('-s') 
infile, outfile = sys.argv[1:] 

В качестве альтернативы, вы можете также использовать более мощные инструменты, такие как argparse и optparse для создания командной строки парсер:

import argparse 

parser = argparse.ArgumentParser(description='Tool for extracting genes') 
parser.add_argument('infile', help='source file with the genes') 
parser.add_argument('outfile', help='outfile file in a FASTA format') 
parser.add_argument('-s', '--spliced', action='store_true', help='remove introns') 

if __name__ == '__main__': 
    result = parser.parse_args('-s myin myout'.split()) 
    print vars(result) 

Answer 2

Argparse - это библиотека python, которая позаботится о дополнительных пареметрах для вас. http://docs.python.org/library/argparse.html#module-argparse

Answer 3

попробовать что-то вроде этого:

def getGenes(input, output, s=False): 
    if s: 
     ... 
    else: 
     ... 

Если вход 2 параметра, s будет Ложные; getGenes (вход, выход)

Если вы вызываете getGenes() с 3 параметрами, s будет 3-м параметром, поэтому в этом случае вызов его с любым значением False приведет к предложению else.