R heatmap.2 (gplots) данные дендрограммы доступа

Question

В R Я использую heatmap.2 (из пакета gplots) для кластеризации и визуализации некоторых данных.

Я хотел бы получить доступ к столбцам dendrogram (кластеров) для дальнейшей обработки моих данных.

Например:

x = matrix(runif(250), nrow= 50) h = heatmap.2(x) 

h$colDendrogram 
'dendrogram' with 2 branches and 5 members total, at height 3.033438 

Есть ли способ узнать индексы столбца, принадлежащий к первой ветви и те, кто принадлежит к второму (в автоматической моде, конечно, в этом простом случае Я мог бы просто посмотреть метки на оси x).

Дальше, как я могу получить доступ к другим филиалам?

Answer 1

Можно использовать функцию as.hclust() и обработать результирующий объект, как если бы это был объект R hclust.

Для конкретного случая, представленного в этом вопросе, это, как один доступ столбец дендрограммы:

colhclust = as.hclust(h$colDendrogram) 
groups = cutree(cl,2) 

группы представляет собой вектор, содержащий группу каждого столбца;

id_g1 = which(groups == 1) 

содержит указатели предметов, принадлежащих первой ветке.