Выбора мин группы с ddply

Question

Моего кадра данных выглядит следующим образом

TFexp 
      ID Entrez_Gene_ID Symbol adj.P.Val  P.Value   t   B  logFC GSM507414 
    ILMN_1765574   7020 TFAP2A 0.03071446 0.001797766 -5.9919321 -1.012015 -1.02847949 9.537218 
    ILMN_2374115   7020 TFAP2A 0.03914067 0.002813079 -5.4197845 -1.517871 -0.75604907 6.776104 
    ILMN_1749838   7593 ZNF42 0.12390434 0.021504872 -3.2861751 -3.807814 -0.48844495 8.586840 
    ILMN_2181540   7528 YY1 0.21007443 0.054908628 2.4869982 -4.834348 0.31190866 10.404929 
    ILMN_1733135   7020 TFAP2A 0.22665655 0.063170290 -2.3738597 -4.984464 -0.82238355 3.827819 
    ILMN_1670816   7593 ZNF42 0.44843565 0.220579380 1.3975294 -6.251177 1.60730795 2.963474 
    ILMN_1770892   7528 YY1 0.47245442 0.243567365 1.3198784 -6.343075 0.16865034 10.903882 
    ILMN_2275760   7020 TFAP2A 0.72242186 0.532549376 -0.6695509 -6.978362 -0.52387868 3.392317 
    ILMN_1676010   6667 SP1 0.75701851 0.581434509 0.5886784 -7.034562 0.07281042 7.846117 
    ILMN_2282477   7020 TFAP2A 0.95496669 0.907458427 -0.1221984 -7.225401 -0.02493289 6.903279 

В пределах каждого уровня для Symbol Я хочу, чтобы выбрать мин, и построить новый фрейм данных из этих минимумов. Я попробовал этот

ddply(TFexp, .(Symbol), function(x)x[x$P.Value==min(x$P.Value)]) 

но вернулись следующие:

   ID Entrez_Gene_ID Symbol adj.P.Val P.Value   t   B  logFC GSM507414 GSM507415 
1 ILMN_1676010   6667 SP1 0.7570185 0.58143451 0.5886784 -7.034562 0.07281042 7.846117 7.920055 
2 ILMN_1765574   <NA> <NA>  NA   NA -5.9919321  NA   NA  NA  NA 
3 ILMN_2374115   <NA> <NA>  NA   NA -5.4197845  NA   NA  NA  NA 
4 ILMN_1733135   <NA> <NA>  NA   NA -2.3738597  NA   NA  NA  NA 
5 ILMN_2275760   <NA> <NA>  NA   NA -0.6695509  NA   NA  NA  NA 
6 ILMN_2282477   <NA> <NA>  NA   NA -0.1221984  NA   NA  NA  NA 
7 ILMN_2181540   <NA> YY1  NA 0.05490863   NA -4.834348   NA 10.404929  NA 
8 ILMN_1770892   <NA> YY1  NA 0.24356737   NA -6.343075   NA 10.903882  NA 
9 ILMN_1749838   <NA> ZNF42  NA 0.02150487   NA -3.807814   NA 8.586840  NA 
10 ILMN_1670816   <NA> ZNF42  NA 0.22057938   NA -6.251177   NA 2.963474  NA 

Есть идеи?
Cheers,
Davy.

Answer 1

Это потому, что x[x$P.Value==min(x$P.Value)] выбирает столбец data.frame, а не строку. Вместо этого используйте x[x$P.Value==min(x$P.Value),]. Еще лучше, используйте x[which.min(x$P.Value),].

Answer 2

(непроверенный)

ddply(TFexp, .(Symbol), function(x)x[which.min(x$P.Value),]) 

Два изменения:

1. добавил , после того, как критерии выбора строки, чтобы сделать его фактически быть выбора строки.
2. изменил выбор из логического сравнения, чтобы избежать проблем с сопоставлением чисел с плавающей запятой.