2014-10-20 4 views
0

Я использую igraph r package. У меня есть файл формата ncol formatted и используетigraph читать график висит в OS X

g <- read.graph('~/tmp/graph.ncol', format = 'ncol', weights="yes") 

читать в память. Хотя этот файл команды и графика отлично работает в течение нескольких минут под Ubuntu 14.04. Используя тот же компьютер с OS X 10.10, команда запускается и никогда не заканчивается. Я также попытался использовать один и тот же граф в формате графа с тем же результатом.

Это macbook pro, который после обновления до OS X 10.10, refit/refind больше не работает для меня, чтобы загрузиться в 14.04, поэтому я решил использовать OS X некоторое время и столкнулся с этим. Пакет igraph устанавливается исходным кодом в ubuntu при установке двоичным кодом из cran в OS X. Я также попытался использовать исходный пакет для компиляции igraph r пакета локально и получил тот же результат зависания. Кто-нибудь испытывает подобные вещи? Не уверен, что это OS X 10.10.

+0

Это очень мало информации. Можете ли вы привести некоторые примерные (имитируемые) данные, имитирующие это поведение? –

+0

Я пробовал несколько размеров файлов, обрезая ncol-файл. Размер файлов 20M (1000000 строк) и ниже - штраф. Теперь файл с 10000000 строк висит. Весь файл - 700M. Подобная вещь никогда не происходила в ubuntu на этой машине и на другой машине с archlinux. Свободной памяти должно быть достаточно. – xgdgsc

+0

Вы пытались перекомпилировать библиотеку igraph с нуля на Yosemite? У меня нет большого файла графика, который можно проверить, но компилятор работал отлично после того, как я загрузил исходный пакет и сделал это из командной строки vs RStudio (из RStudio он не смог найти «gfortran-4.8», и есть были сообщениями о странности пути с RStudio & R после установки Yosemite). – hrbrmstr

ответ

0

Оказывается, что это происходит только тогда, когда путь к файлу включает ~ как ~/tmp/graph.txt, что он начинает использовать временный файл и вызывая read.graph.toraw, что вызывает тревогу. Я могу избежать использования этого ~. Это обходное решение, достаточно хорошее для меня.

Смежные вопросы