Связь между двумя столбцами

Question

Может кто-нибудь попытается отладить сценарий ниже? ggplot не находит мои значения x и y. Что не так?

данные:

data <- read.table(file="./MatureMiRNA_1M_2M_Trim18.csv", sep=",", header=T, check.names=F, row.names=1) 
    head(data) 
         1M 2M 
    hsa-let-7a-2-3p 0 0 
    hsa-let-7a-3p  0 12 
    hsa-let-7a-5p 2770 1344 
    hsa-let-7b-3p  26 27 
    hsa-let-7b-5p 627 492 
    hsa-let-7c-3p  0 0 

Script

keep <- rowSums(cpm(data)>3) >=2 
    data <- data[keep, ] 
    table(keep) 
    keep 

    FALSE TRUE 
    2381 200 

    data <- log(data,2) 
    head(data) 
         1M  2M 
    hsa-let-7a-5p 11.435670 10.392317 
    hsa-let-7b-3p 4.700440 4.754888 
    hsa-let-7b-5p 9.292322 8.942515 
    hsa-let-7c-5p 5.906891 4.754888 
    hsa-let-7d-3p 9.552669 7.882643 
    hsa-let-7d-5p 8.573647 7.851749 

    library(ggplot2) 
    ggplot(data, aes(x=1M,y=2M)) + geom_point() 
    Error: unexpected symbol in "ggplot(data, aes(x=1M" 

Answer 1

R не допускает имена переменных, которые начинаются с номером (See, for example, here). Но check_names=F в команде read.table останавливает R от проверки действительных имен. Оставляя check.names по умолчанию (TRUE), R сделает имена законными, добавив «X» к имени переменной. Если вы хотите, чтобы исходные имена были метками оси в ggplot, измените метки меток, используя labs.

data <- read.table(text = " 1M  2M 
    hsa-let-7a-5p 11.435670 10.392317 
    hsa-let-7b-3p 4.700440 4.754888 
    hsa-let-7b-5p 9.292322 8.942515 
    hsa-let-7c-5p 5.906891 4.754888 
    hsa-let-7d-3p 9.552669 7.882643 
    hsa-let-7d-5p 8.573647 7.851749", 
    header = TRUE, 
    check.names = TRUE, 
    row.names = 1) 

names(data) 

library(ggplot2) 
ggplot(data, aes(X1M, X2M)) + 
    geom_point() + 
    labs(x = "1M", y = "2M")