У меня есть гибридный код mpi-openmp, который выходит из строя с ошибкой сегментации, плохой ошибкой завершения. Я компилирую с помощью mpif90/ifort и использую mpich2. Вот строка компиляции, которые я использую и получаю ошибки:Ошибка сегментации mort-openmp ifort
mpif90.mpich2 -f90=ifort -DAMD64_LNX -openmp -o jack_openmp.exe laplace.f
При использовании этой команды, если я бегу от одного узла, указывающий на файл машин, который включает другой узел, я получаю ошибки сегментации:
=====================================================================================
= BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
= EXIT CODE: 11
= CLEANING UP REMAINING PROCESSES
= YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES
=====================================================================================
APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Segmentation fault (signal 11)
Однако, если я запускаю это из определенного узла (например, node1) и имеет только «node1» в файле машин, он выполняется, как ожидалось, используя нужное количество потоков на узел (скажем, если был указан «node1» дважды в файле машин, а команда mpiexec была похожа на «mpiexec -np 2 ...»).
Вторая вещь, которую я пробовал, вместо ссылки «-openmp», я ссылаюсь на «-liomp5». Когда я это делаю, код компилируется и запускается даже через узлы. Однако он не работает в любом поточном смысле. «Omp_get_num_threads» вернет 8 потоков на узел (что правильно), но он будет запускать только один поток на узел, указанный в файле машин, тем самым не выполняя фактической потоковой передачи.
Я использую последний компилятор ifort (12.1.2) и mpich2, как указано. Размер стека неограничен, проверен через «ulimit -a» и считается неограниченным.
Исходный код файла laplace.f следующим образом:
program lpmlp
include 'mpif.h'
include "omp_lib.h"
integer imax,jmax,im1,im2,jm1,jm2,it,itmax
parameter (imax=10001,jmax=10001)
parameter (im1=imax-1,im2=imax-2,jm1=jmax-1,jm2=jmax-2)
parameter (itmax=100)
real*8 u(imax,jmax),du(imax,jmax),umax,dumax,tol,pi
parameter (umax=10.0,tol=1.0e-6,pi=3.14159)
! Additional MPI parameters
integer istart,iend,jstart,jend
integer size,rank,ierr,istat(MPI_STATUS_SIZE),mpigrid,length
integer grdrnk,dims(1),gloc(1),up,down,isize,jsize
integer ureq,dreq
integer ustat(MPI_STATUS_SIZE),dstat(MPI_STATUS_SIZE)
real*8 tstart,tend,gdumax
logical cyclic(1)
real*8 uibuf(imax),uobuf(imax),dibuf(imax),dobuf(imax)
! OpenMP parameters
integer nthrds,nthreads
! Initialize
call MPI_INIT_THREAD(MPI_THREAD_FUNNELED,IMPI_prov,ierr)
call MPI_COMM_RANK(MPI_COMM_WORLD,rank,ierr)
call MPI_COMM_SIZE(MPI_COMM_WORLD,size,ierr)
! 1D linear topology
dims(1)=size
cyclic(1)=.FALSE.
call MPI_CART_CREATE(MPI_COMM_WORLD,1,dims,cyclic,.true.,mpigrid
+ ,ierr)
call MPI_COMM_RANK(mpigrid,grdrnk,ierr)
call MPI_CART_COORDS(mpigrid,grdrnk,1,gloc,ierr)
call MPI_CART_SHIFT(mpigrid,0,1,down,up,ierr)
istart=2
iend=imax-1
jsize=jmax/size
jstart=gloc(1)*jsize+1
if (jstart.LE.1) jstart=2
jend=(gloc(1)+1)*jsize
if (jend.GE.jmax) jend=jmax-1
nthrds=OMP_GET_NUM_PROCS()
print*,"Rank=",rank,"Threads=",nthrds
call omp_set_num_threads(nthrds)
!$OMP PARALLEL DEFAULT(SHARED) PRIVATE(i,j)
! Initialize -- done in parallel to force "first-touch" distribution
! on ccNUMA machines (i.e. O2k)
!$OMP DO
do j=jstart-1,jend+1
do i=istart-1,iend+1
u(i,j)=0.0
du(i,j)=0.0
enddo
u(imax,j)=umax*sin(pi*float(j-1)/float(jmax-1))
enddo
!$OMP END DO
!$OMP END PARALLEL
! Main computation loop
call MPI_BARRIER(MPI_COMM_WORLD,ierr)
tstart=MPI_WTIME()
do it=1,itmax
! We have to keep the OpenMP and MPI calls segregated...
call omp_set_num_threads(nthrds)
!$OMP PARALLEL DEFAULT(SHARED) PRIVATE(i,j)
!$OMP MASTER
dumax=0.0
!$OMP END MASTER
!$OMP DO REDUCTION(max:dumax)
do j=jstart,jend
do i=istart,iend
!nthreads = OMP_GET_NUM_THREADS()
!print*,"Jack",rank,nthreads,nthrds
du(i,j)=0.25*(u(i-1,j)+u(i+1,j)+u(i,j-1)+u(i,j+1))-u(i,j)
dumax=max(dumax,abs(du(i,j)))
enddo
enddo
!$OMP END DO
!$OMP DO
do j=jstart,jend
do i=istart,iend
u(i,j)=u(i,j)+du(i,j)
enddo
enddo
!$OMP END DO
!$OMP END PARALLEL
! Compute the overall residual
call MPI_REDUCE(dumax,gdumax,1,MPI_REAL8,MPI_MAX,0
+ ,MPI_COMM_WORLD,ierr)
! Send phase
if (down.NE.MPI_PROC_NULL) then
j=1
do i=istart,iend
dobuf(j)=u(i,jstart)
j=j+1
enddo
length=j-1
call MPI_ISEND(dobuf,length,MPI_REAL8,down,it,mpigrid,
+ dreq,ierr)
endif
if (up.NE.MPI_PROC_NULL) then
j=1
do i=istart,iend
uobuf(j)=u(i,jend)
j=j+1
enddo
length=j-1
call MPI_ISEND(uobuf,length,MPI_REAL8,up,it,mpigrid,
+ ureq,ierr)
endif
! Receive phase
if (down.NE.MPI_PROC_NULL) then
length=iend-istart+1
call MPI_RECV(dibuf,length,MPI_REAL8,down,it,
+ mpigrid,istat,ierr)
call MPI_WAIT(dreq,dstat,ierr)
j=1
do i=istart,iend
u(i,jstart-1)=dibuf(j)
j=j+1
enddo
endif
if (up.NE.MPI_PROC_NULL) then
length=iend-istart+1
call MPI_RECV(uibuf,length,MPI_REAL8,up,it,
+ mpigrid,istat,ierr)
call MPI_WAIT(ureq,ustat,ierr)
j=1
do i=istart,iend
u(i,jend+1)=uibuf(j)
j=j+1
enddo
endif
write (rank+10,*) rank,it,dumax,gdumax
if (rank.eq.0) write (1,*) it,gdumax
enddo
call MPI_BARRIER(MPI_COMM_WORLD,ierr)
tend=MPI_WTIME()
if (rank.EQ.0) then
write(*,*) 'Calculation took ',tend-tstart,'s. on ',size,
+ ' MPI processes'
+ ,' with ',nthrds,' OpenMP threads per process'
endif
call MPI_FINALIZE(ierr)
stop
end
При запуске -liomp5 связанного в сборе, видно, что:
call omp_set_num_threads(nthrds)
выполняется с nthrds = 8, проверяется через операторы печати, однако при немедленной проверке:
nthreads = OMP_GET_NUM_THREADS()
итоговый nth reads = 1. Однако в случае, когда завершается ссылка в -openmp при компиляции (все тот же узел в файле машин, при запуске запуска с одного и того же узла), nthreads = 8.
Если я укажу, имя заголовка сначала в файле машины дольше, говоря:
=====================================================================================
= BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
= EXIT CODE: 11
= CLEANING UP REMAINING PROCESSES
= YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES
=====================================================================================
[proxy:0:[email protected]] HYD_pmcd_pmip_control_cmd_cb (./pm/pmiserv/pmip_cb.c:906): assert (!closed) failed
[proxy:0:[email protected]] HYDT_dmxu_poll_wait_for_event (./tools/demux/demux_poll.c:77): callback returned error status
[proxy:0:[email protected]] main (./pm/pmiserv/pmip.c:226): demux engine error waiting for event
[[email protected]] HYDT_bscu_wait_for_completion (./tools/bootstrap/utils/bscu_wait.c:70): one of the processes terminated badly; aborting
[[email protected]] HYDT_bsci_wait_for_completion (./tools/bootstrap/src/bsci_wait.c:23): launcher returned error waiting for completion
[[email protected]] HYD_pmci_wait_for_completion (./pm/pmiserv/pmiserv_pmci.c:189): launcher returned error waiting for completion
[[email protected]] main (./ui/mpich/mpiexec.c:397): process manager error waiting for completion
Много информации, но, надеюсь, не слишком много. Спасибо за любую помощь.
мои рекомендации: (1) смешивание MPI и OpenMP, я бы начал практиковать с простым образцом кода (http://www.slac.stanford.edu/comp/unix/farm/mpi_and_openmp.html). (2) Попробовал ли отладчик выяснить, где именно в вашем коде происходит segfault? – steabert
@KyleKanos Я выполнил ретрансляцию из-за [этого запроса по мета] (http://meta.stackexchange.com/a/226446/158100). Если вы недовольны этим, поделитесь своими идеями. – rene