Как импортировать пакеты python?

Question

Я новичок в Python и вам нужно использовать инструмент на основе python, называемый хромосомером, который импортирует некоторые пакеты python, включая биоформаты. Bioformats имеет множество модулей, включая кровать. При управлении chromosomer, я получаю ошибку:

smeeta:~$ python 
Python 2.7.6 (default, Jun 22 2015, 17:58:13) 
[GCC 4.8.2] on linux2 
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. 
>>> import chromosomer 
>>> from chromosomer.cli import bioformats 
Traceback (most recent call last): 
    File "<stdin>", line 1, in <module> 
    File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/chromosomer/cli.py", line 8, in <module> 
    import bioformats.bed 
ImportError: No module named bed 
>>> import bioformats 
>>> import bioformats.bed 
Traceback (most recent call last): 
    File "<stdin>", line 1, in <module> 
ImportError: No module named bed 
>>> 

Как установить пакет chromosomer и его зависимые пакеты?

Answer 1

Использование pip

Э.Г.

#>pip install <desired package> 
#>pip install chromosomer 

Официальная pip документация link.

Для Python 2.7.9+ и 3.4+ Он должен прийти с предустановленным pip

Python 2 ≤ 2.7.8 и Python 3 ≤ 3,3 Следуйте инструкциям здесь: https://pip.pypa.io/en/stable/installing/#do-i-need-to-install-pip

Подробнее об этом вопросе: Does Python have a package/module management system?

Answer 2

Значит, в python большинство вещей попадает с помощью команды pip, рекомендуется использовать инструмент для установки пакетов Python.

Также вы пытались:

pip install python-bioformats 

Answer 3

Для любых других, чем те, по умолчанию пакетов, вам необходимо установить их перед импортом/их использованием.

Самый распространенный и удобный способ установки пакета Python - с помощью утилиты управления пакетами pip.

1. Установите пип:

sudo apt-get install python-pip # for Debian/Ubuntu 
sudo yum -y install python-pip # for CentOS/RHEL 

Примечание: Для Python 2.7.9+ и 3.4+ pip поставляется с предварительно установленной.

---

2. Установить питона пакеты:

sudo pip install chromosomer 

Это будет установить bioinformats, future, pyfaidx, PyVCF, six пакеты в качестве зависимостей. Примечание: нет необходимости в sudo, если уже root пользователь, или с помощью vitualenv.

Проверка - может проверить правильность установки с помощью pip freeze команду:

(venv_bioinformatics)[nahmed@localhost virtualenvs]$ pip freeze 
bioformats==0.1.14 
chromosomer==0.1.3 
future==0.16.0 
pyfaidx==0.4.8.1 
PyVCF==0.6.8 
six==1.10.0 
wheel==0.24.0 

Test - Я установил chromosomer и импортирован, работал отлично:

(venv_bioinformatics)[nahmed@localhost virtualenvs]$ python 
Python 2.7.5 (default, Sep 15 2016, 22:37:39) 
[GCC 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-4)] on linux2 
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. 
>>> from chromosomer.cli import chromosomer 
>>>