fftw_mpi_plan_dft_3d с ошибкой сегментации

Следующая трехмерная комплексная программа FFT Fortran MPI запускается, когда число процессов P = 1, 2, 4, 8 и 16. Но это не получается, когда P = 12 со следующей ошибкой в месте где вызывается функция fftw_mpi_plan_dft_3d.fftw_mpi_plan_dft_3d с ошибкой сегментации

«Полученный сигнал программы SIGSEGV: ошибка сегментации - неверная ссылка на память».

Почему эта программа не работает с P = 12?

PROGRAM test 
    USE, INTRINSIC :: ISO_C_BINDING 

    IMPLICIT NONE 
    INCLUDE 'mpif.h' 
    INCLUDE 'fftw3-mpi.f03' 

    INTEGER :: ier 
    integer(C_INTPTR_T), parameter :: L = 256 
    integer(C_INTPTR_T), parameter :: N = 256 
    integer(C_INTPTR_T), parameter :: M = 48 
    type(C_PTR) :: plan, cdata 
    complex(C_DOUBLE_COMPLEX), pointer :: data(:,:,:) 
    integer(C_INTPTR_T) :: i, j, alloc_local, local_M, local_j_offset 

    CALL MPI_INIT(ier) 

    CALL fftw_mpi_init 

    alloc_local = fftw_mpi_local_size_3d(M, N, L, MPI_COMM_WORLD, local_M, local_j_offset) 
    cdata = fftw_alloc_complex(alloc_local) 
    CALL C_F_POINTER(cdata, data, [L, N, local_M]) 

    plan = fftw_mpi_plan_dft_3d(M, N, L, data, data, MPI_COMM_WORLD, FFTW_FORWARD, FFTW_ESTIMATE) 

    CALL fftw_destroy_plan(plan) 
    CALL fftw_free(cdata) 

    CALL MPI_FINALIZE(ier) 
    STOP 

END PROGRAM test

источник

2016-03-01 nombak

Возможно, разработчики FFTW могут вам помочь. Они доступны по адресу внизу этой страницы http://www.fftw.org/#documentation – Harald

Спасибо за ваш комментарий. – nombak

На каком этапе он падает? Правильно ли ответ, когда он работает? –

я вижу ту же проблему с fftw_mpi_plan_dft_c2r на Cray XE6 с использованием Cray-MPICH 7.1.3. Не имеет значения, скомпилирован ли fftw с помощью gcc, Cray cc или Intel icc. Ошибка сегментации возникает только для определенных комбинаций размеров массива и количества процессоров. Одной комбинацией, которая приводит к segfault, является размер массива 1920,3840,3840 на 128 процессах. Как и в исходном сообщении, я использовал FFTW_ESTIMATE, и поэтому планировщик не делает никакого преобразования. След стека следует.

#0 0x00000000008f26f0 in ??() 
#1 0x00000000004179bb in fftw_plan_destroy_internal (ego=0x8e2af0) at plan.c:49 
#2 0x000000000040d755 in mkplan (ego_=0x8def60, p_=0x8f1440, plnr=0x8d6110) 
at transpose-pairwise.c:467 
#3 0x0000000000418a07 in invoke_solver (ego=0x8d6110, p=0x8f1440, s=0x8def60, 
nflags=0x7fffffff4fc0) at planner.c:486 
#4 0x0000000000418b9c in search0 (ego=0x8d6110, p=0x8f1440, slvndx=0x7fffffff4fcc, 
flagsp=0x7fffffff4fc0) at planner.c:529 
#5 0x0000000000418db8 in search (ego=0x8d6110, p=0x8f1440, slvndx=0x7fffffff4fcc, 
flagsp=0x7fffffff4fc0) at planner.c:600 
#6 0x00000000004191d8 in mkplan (ego=0x8d6110, p=0x8f1440) at planner.c:711 
#7 0x0000000000419d35 in fftw_mkplan_d (ego=0x8d6110, p=0x8f1440) at planner.c:970 
#8 0x0000000000411d47 in mkplan (ego_=0x8df140, p_=0x8df930, plnr=0x8d6110) 
at dft-rank1-bigvec.c:165 
#9 0x0000000000418a07 in invoke_solver (ego=0x8d6110, p=0x8df930, s=0x8df140, 
nflags=0x7fffffff5290) at planner.c:486 
#10 0x0000000000418b9c in search0 (ego=0x8d6110, p=0x8df930, slvndx=0x7fffffff529c, 
flagsp=0x7fffffff5290) at planner.c:529 
#11 0x0000000000418db8 in search (ego=0x8d6110, p=0x8df930, slvndx=0x7fffffff529c, 
flagsp=0x7fffffff5290) at planner.c:600 
#12 0x00000000004191d8 in mkplan (ego=0x8d6110, p=0x8df930) at planner.c:711 
#13 0x0000000000419d35 in fftw_mkplan_d (ego=0x8d6110, p=0x8df930) at planner.c:970 
#14 0x00000000004157b1 in mkplan (ego_=0x8df4a0, p_=0x8df650, plnr=0x8d6110) 
at rdft2-rank-geq2.c:179 
#15 0x0000000000418a07 in invoke_solver (ego=0x8d6110, p=0x8df650, s=0x8df4a0, 
nflags=0x7fffffff5550) at planner.c:486 
#16 0x0000000000418b9c in search0 (ego=0x8d6110, p=0x8df650, slvndx=0x7fffffff555c, 
flagsp=0x7fffffff5550) at planner.c:529 
#17 0x0000000000418db8 in search (ego=0x8d6110, p=0x8df650, slvndx=0x7fffffff555c, 
flagsp=0x7fffffff5550) at planner.c:600 
#18 0x00000000004191d8 in mkplan (ego=0x8d6110, p=0x8df650) at placner.c:711 
#19 0x000000000041d1e2 in mkplan0 (plnr=0x8d6110, flags=64, prb=0x8df650, hash_info=0, 
wisdom_state=WISDOM_NORMAL) at apiplan.c:34 
#20 0x000000000041d229 in mkplan (plnr=0x8d6110, flags=64, prb=0x8df650, hash_info=0) 
at apiplan.c:48 
#21 0x000000000041d438 in fftw_mkapiplan (sign=0, flags=0, prb=0x8df650) 
at apiplan.c:111 
#22 0x000000000040a385 in plan_guru_rdft2 (rnk=3, dims0=0x8df540, howmany=1, 
r=0x2aab74c21010, c=0x2aab73000010, comm=1140850688, kind=HC2R00, flags=64) 
at api.c:784 
#23 0x000000000040a542 in fftw_mpi_plan_many_dft_c2r (rnk=3, n=0x7fffffff5830, 
howmany=1, iblock=0, oblock=0, in=0x2aab73000010, out=0x2aab74c21010, 
comm=1140850688, flags=64) at api.c:831

источник

2016-03-05 03:36:10 debk

fftw_mpi_plan_dft_3d с ошибкой сегментации

ответ

Смежные вопросы