Я думаю, что проблема с вашим кодом связана с индексами оси x. Вы должны сгруппировать самцов и самок под одним и тем же индексом x. Например, все мужчины с индексом равны 0, а все самки равны 1. Другим решением является использование растущего индекса со всеми самцами сначала, а затем всеми самками.
series: [
{
name: "Banana (Male)",
data: [29,13,16,54,21,2],
stack: "Male",
id: "Banana",
code: "BAN",
yAxis: 0,
index: 0, // all Male have index = 0
legendIndex: 2,
color: "rgba(0,169,224,1)"
},
{
name: "Banana (Female)",
data: [1305,680,720,2520,945,90],
stack: "Female",
id: "Banana",
code: "BAN",
yAxis: 1,
index: 1, // all Female have index = 1
legendIndex: 2,
color: "rgba(0,169,224,0.8)"
},
{
name: "Apple (Male)",
data: [266,235,150,215,213,17],
stack: "Male",
id: "Apple",
code: "APL",
yAxis: 0,
index: 0,
legendIndex: 1,
color: "rgba(206,0,88,1)"
},
{
name: "Apple (Female)",
data: [14045,11690,7280,10667.64,10345,765],
stack: "Female",
id: "Apple",
code: "APL",
yAxis: 1,
index: 1,
legendIndex: 1,
color: "rgba(206,0,88,0.8)"
},
{
name: "Tomato (Male)",
data: [11293,10300,7975,10703,10934,868],
stack: "Male",
id: "Tomato",
code: "TOM",
yAxis: 0,
index: 0,
legendIndex: 0,
color: "rgba(130,70,175,1)"
},
{
name: "Tomato (Female)",
data: [221800,200210,156990,209080,211945,15675],
stack: "Female",
id: "Tomato",
code: "TOM",
yAxis: 1,
index: 1,
legendIndex: 0,
color: "rgba(130,70,175,0.8)"
}
]
Здесь jsFiddle для решения одного: http://jsfiddle.net/69gep9rt/2/
Ciao Давиде