При работе с PHP вы обычно работаете с модулями веб-сервера. Это означает, что сценарий похож на песочницу, и нет никаких рисков (каждый отдельный сценарий просто заканчивается коротким и освобождает все, что связано с ним).
При работе в режиме CLI у вас могут возникнуть проблемы, только если вы работаете с длительными исполнениями (и вы, вероятно, не захотите).
Чтобы ответить на ваш конкретный вопрос, я не знаю внутренних компонентов PHP, но почти у всех интерпретаторов есть куча, в которой они хранят выделенные объекты, поэтому я предполагаю, что PHP не является исключением.