Не удается установить Networkit с помощью sudo pip3 install networkit

Question

Я пытаюсь установить Networkit, используя sudo pip3 install networkit, как описано на их веб-сайте, но я получаю эту ошибку!

Collecting networkit 
    Downloading networkit-4.1.1.tar.gz (936kB) 
    100% |████████████████████████████████| 942kB 1.6MB/s 
Installing collected packages: networkit 
    Running setup.py install for networkit ... error 
    Complete output from command /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/bin/python3.5 -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/private/tmp/pip-build-p2tcuarv/networkit/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-ac3b1wc7-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile: 
    /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/lib/python3.5/site-packages/Cython/Distutils/old_build_ext.py:30: UserWarning: Cython.Distutils.old_build_ext does not properly handle dependencies and is deprecated. 
     "Cython.Distutils.old_build_ext does not properly handle dependencies " 
    running install 
    running build 
    running build_py 
    creating build 
    creating build/lib.macosx-10.6-intel-3.5 
    creating build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/__init__.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/algebraic.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/centrality.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/clique.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/coarsening.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/coloring.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/community.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/components.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/correlation.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/distance.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/dynamic.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/engineering.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/flow.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/generators.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/GEXFIO.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/globals.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/graph.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/graphio.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/GraphMLIO.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/linkprediction.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/matching.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/nxadapter.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/partitioning.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/plot.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/sampling.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/scd.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/simulation.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/sparsification.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/stats.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/stopwatch.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/structures.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/viztasks.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    copying networkit/workflows.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit 
    creating build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/gephi 
    copying networkit/gephi/__init__.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/gephi 
    copying networkit/gephi/csv.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/gephi 
    copying networkit/gephi/pyclient.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/gephi 
    copying networkit/gephi/streaming.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/gephi 
    creating build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling 
    copying networkit/profiling/__init__.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling 
    copying networkit/profiling/job.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling 
    copying networkit/profiling/multiprocessing_helper.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling 
    copying networkit/profiling/plot.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling 
    copying networkit/profiling/profiling.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling 
    copying networkit/profiling/stat.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling 
    creating build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/test 
    copying networkit/test/__init__.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/test 
    copying networkit/test/test_algorithms.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/test 
    copying networkit/test/test_community.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/test 
    copying networkit/test/test_graphio.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/test 
    copying networkit/test/test_sparsification.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/test 
    creating build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/test/extension 
    copying networkit/test/extension/__init__.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/test/extension 
    copying networkit/test/extension/test.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/test/extension 
    creating build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/test/gephi 
    copying networkit/test/gephi/__init__.py -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/test/gephi 
    creating build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling/html 
    copying networkit/profiling/html/measure.html -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling/html 
    copying networkit/profiling/html/overlay.html -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling/html 
    copying networkit/profiling/html/profile.html -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling/html 
    copying networkit/profiling/html/profiling.css -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling/html 
    copying networkit/profiling/html/profiling.js -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling/html 
    creating build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling/latex 
    copying networkit/profiling/latex/measure.tex -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling/latex 
    copying networkit/profiling/latex/profile.tex -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling/latex 
    creating build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling/description 
    copying networkit/profiling/description/descriptions.txt -> build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/networkit/profiling/description 
    running build_ext 
    initializing NetworKit compilation with: scons --optimize=Opt --target=Core -j8 --compiler=g++-4.8 --std=c++11 
    scons: Reading SConscript files ... 
    scons: done reading SConscript files. 
    scons: Building targets ... 
    g++-4.8 -o .buildOpt/algebraic/AdjacencyMatrix.o -c -std=c++11 -Wall -c -fmessage-length=0 -fPIC -fopenmp -O3 -DNDEBUG -DLOG_LEVEL=LOG_LEVEL_INFO networkit/cpp/algebraic/AdjacencyMatrix.cpp 
    g++-4.8 -o .buildOpt/algebraic/CSRMatrix.o -c -std=c++11 -Wall -c -fmessage-length=0 -fPIC -fopenmp -O3 -DNDEBUG -DLOG_LEVEL=LOG_LEVEL_INFO networkit/cpp/algebraic/CSRMatrix.cpp 
    g++-4.8 -o .buildOpt/algebraic/DenseMatrix.o -c -std=c++11 -Wall -c -fmessage-length=0 -fPIC -fopenmp -O3 -DNDEBUG -DLOG_LEVEL=LOG_LEVEL_INFO networkit/cpp/algebraic/DenseMatrix.cpp 
    g++-4.8 -o .buildOpt/algebraic/DiagonalMatrix.o -c -std=c++11 -Wall -c -fmessage-length=0 -fPIC -fopenmp -O3 -DNDEBUG -DLOG_LEVEL=LOG_LEVEL_INFO networkit/cpp/algebraic/DiagonalMatrix.cpp 
    g++-4.8 -o .buildOpt/algebraic/IncidenceMatrix.o -c -std=c++11 -Wall -c -fmessage-length=0 -fPIC -fopenmp -O3 -DNDEBUG -DLOG_LEVEL=LOG_LEVEL_INFO networkit/cpp/algebraic/IncidenceMatrix.cpp 
    g++-4.8 -o .buildOpt/algebraic/LaplacianMatrix.o -c -std=c++11 -Wall -c -fmessage-length=0 -fPIC -fopenmp -O3 -DNDEBUG -DLOG_LEVEL=LOG_LEVEL_INFO networkit/cpp/algebraic/LaplacianMatrix.cpp 
    g++-4.8 -o .buildOpt/algebraic/Matrix.o -c -std=c++11 -Wall -c -fmessage-length=0 -fPIC -fopenmp -O3 -DNDEBUG -DLOG_LEVEL=LOG_LEVEL_INFO networkit/cpp/algebraic/Matrix.cpp 
    g++-4.8 -o .buildOpt/algebraic/NormalizedLaplacianMatrix.o -c -std=c++11 -Wall -c -fmessage-length=0 -fPIC -fopenmp -O3 -DNDEBUG -DLOG_LEVEL=LOG_LEVEL_INFO networkit/cpp/algebraic/NormalizedLaplacianMatrix.cpp 
    /var/tmp//ccFjDjJZ.s:17:expecting string instruction after `rep' 
    /var/tmp//ccFjDjJZ.s:56:expecting string instruction after `rep' 
    scons: *** [.buildOpt/algebraic/DenseMatrix.o] Error 1 
    /var/tmp//cch6WQOj.s:17:expecting string instruction after `rep' 
    /var/tmp//cch6WQOj.s:56:expecting string instruction after `rep' 
    /var/tmp//cch6WQOj.s:3864:expecting string instruction after `rep' 
    /var/tmp//cch6WQOj.s:3869:expecting string instruction after `rep' 
    scons: *** [.buildOpt/algebraic/Matrix.o] Error 1 
    /var/tmp//ccjOB51r.s:17:expecting string instruction after `rep' 
    scons: *** [.buildOpt/algebraic/CSRMatrix.o] Error 1 
    scons: building terminated because of errors. 
    scons returned an error, exiting setup.py 

    ---------------------------------------- 
Command "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/bin/python3.5 -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/private/tmp/pip-build-p2tcuarv/networkit/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-ac3b1wc7-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile" failed with error code 1 in /private/tmp/pip-build-p2tcuarv/networkit/ 

Answer 1

Возможно, это связано с OSX. У меня есть ЗАГРУЗКИ проблем с ним. Общим для NetworKit проблемой является то, что установка вызывает много странных проблем для MacOSX.

Попробуйте следовать этим советам или посмотреть, что я сделал, что могло бы помочь решить вашу проблему.

• использовать ARCHFLAGS = "- арка x86_64" флаг --- это было известно, чтобы исправить некоторые параметры конфигурации Mac
• использование C/C++ компилятор GCC-4 (рекомендую НКУ 4,8 но 4,9 должно быть в порядке) --- ОБНОВЛЕНИЕ. Я успешно выполнил это руководство, используя gcc-6 [моя версия: Homebrew gcc 6.2.0 --without-multilib], поэтому, если вы хотите использовать gcc-6, все должно быть в порядке. ---
• обеспечить наличие всех зависимостей
• используют современную python3 (например, самые последние 3.5)

Вот возможный шаг за шагом руководство, которое может помочь вам.

Шаг 1: Убедитесь, что у вас установлена ​​НКА-4,8 или НКА-4,9 и современный python3, например:

$ gcc-4.8 --version 
gcc-4.8 (Homebrew gcc48 4.8.5) 4.8.5 .... 
$ python3 --version 
Python 3.5.2 

((Если у вас нет этих установлены, я рекомендую использовать самогон, чтобы установить его используя

$ brew install gcc48 # installs gcc-4.8 and g++-4.8 

)

Если вам нужно доморощенного, см http://brew.sh/ или просто запустить:

$ /usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)" 

)

Шаг 2: Измените файл .profile или .bash_profile скрипты в вашем доме (~), чтобы ваш терминал имеет полезные настройки для установки NetworKit. Например:

Dir$ echo $HOME # Check what this is set to -- it should be similar for you 
/Users/GFenn 
Dir$ echo ~ # this should be the same as above 
/Users/GFenn 
Dir$ cd 
~$ nano .profile #[or use "vim" or "echo >> " if you prefer] 

##WHILE IN .profile (or whatever), ADD THE FOLLOWING LINES AT THE END 
# Temporary configurations to help install NetworKit 
CC="gcc-4.8" 
CXX="g++-4.8" 
ARCHFLAGS="-arch x86_64" 
alias gcc="gcc-4.8" 
alias g++="g++4.8" 
##WHEN NETWORKIT IS INSTALLED, YOU CAN DELETE THESE LINES OR COMMENT OUT WITH #s 

Шаг 3: Загрузите эти настройки. Легко - просто закройте и снова откройте ваш терминал

$ exit 

Шаг 4: Установите зависимые или полезные Python3 модули:

$ sudo pip3 install pandas seaborn scipy numpy matplotlib tabulate networkx cython sklearn ipython 

(Если у вас есть эти модули уже вам не нужно беспокоиться: но если вы хотите быть уверены, что у вас есть свежие модули:

$ sudo pip3 install --upgrade --force-reinstall pandas seaborn scipy numpy matplotlib tabulate networkx cython sklearn ipython 

)

Шаг 5: Загрузить гроша rce-код. [Я нашел, что это помогло лучше, чем pip3: но, если хотите, сначала попробуйте простой метод «$ sudo pip3 install networkit»!]

EITHER: Go to https://networkit.iti.kit.edu/get_started.html and scroll to "Build NetworKit from Source" and loop for the source code download 
OR: just open https://networkit.iti.kit.edu/uploads/NetworKit.zip to download [works as of 13th Nov 2016] 

(Загрузка должна занять 2-5 минут)

Шаг 6: Установка. (Информация на основе советов от https://networkit.iti.kit.edu/get_started.html -> Построить NetworKit из источника -> Строительство NetworKit)

$ cd ~/Downloads 
$ open NetworKit.zip #[if you need to unzip to source code] 
$ cd NetworKit #[switch to the top folder of NetworKit] 
$ sudo python3 setup.py build_ext --inplace #[run the script setup.py] 

(Шаг 6 должен занять 5-10 минут.)

Шаг 7: Смотрите, если он работал. Закройте терминал еще раз (например, нажмите «Завершить терминал» или запустите «$ exit»). Повторно закройте и вернитесь в каталог ~/Downloads/NetworKit. Например, у меня есть следующее:

$ python3 
[GCC 4.2.1 Compatible Apple LLVM 8.0.0 (clang-800.0.38)] on darwin 
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. 
>>> import networkit 
/usr/local/lib/python3.5/site-packages/IPython/html.py:14: ShimWarning: The `IPython.html` package has been deprecated. You should import from `notebook` instead. `IPython.html.widgets` has moved to `ipywidgets`. 
    "`IPython.html.widgets` has moved to `ipywidgets`.", ShimWarning) 
>>> G = networkit.Graph(5) 
>>> G.addEdge(0,1) 
<_NetworKit.Graph object at 0x11405f1b0> 
>>> G.toString() 
b'Graph(name=G#3, n=5, m=1)' 
>>> G.nodes() 
[0, 1, 2, 3, 4] 
>>> G.edges() 
[(1, 0)] 
>>> G.neighbors(3) 
[] 
>>> from networkit.generators import BarabasiAlbertGenerator 
>>> g = BarabasiAlbertGenerator(5, 50, 8).generate() 
>>> g.nodes() 
[0, 1, 2, ...., 49] 
>>> g.neighbors(5) 
[4, 6, 21, 31, 38, 47] # Will probably be different for you. 
>>> quit() 
$ 

Если все, кажется, работает выше. Поздравления. Если нет, извините .. это не так просто установить такие вещи! Надеюсь, некоторые из приведенных выше советов и трюков будут полезны в вашем окончательном решении о том, как его установить.

Шаг 8: Подтвердите местоположение. После успеха 7-го этапа я обнаружил, что модуль не находится должным образом. Для того, чтобы увидеть, если у вас есть такая же проблема, перейти в новый каталог и повторите шаг 7. Например, следующая вызывает ошибки импорта для меня:

$ cd ~ 
$ python3 
>>> import networkit 
ImportErrors.. 

Чтобы это исправить. Вам нужно переместить весь каталог NetworKit в удобное место, где python3 может его найти. Возможно, вы сможете переместить его на

/usr/local/lib/python3.5/site-packages/ 

, который является одним из мест, где python3 ищет модули. Если вы делаете этот метод, вы должны добавить /usr/local/lib/python3.5/site-packages/networkit к PYTHONPATH с помощью:

$ export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/usr/local/lib/python3.5/site-packages/networkit # To make this change permanent, add this line to your ~/.profile file. 

Однако мой рекомендуемый способ сделать шаг 8 является следующее:

- $ mkdir ~/Documents/MyPython3Modules # create a place to save your own built modules -- you can do this step with the Finder app too 
- copy/drag the NetworKit folder (~/Downloads/NetworKit) to the new MyPython3Modules folder. I found this is easier with the Finder. 
- edit your .profile file from the Terminal 
~$ nano .profile # or .bash_profile or whatever 
##Add the following lines 
export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:~/Documents/MyPython3Modules # Now any module import statements will look here too. 
export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:~/Documents/MyPython3Modules/NetworKit 
# or replace '~' with '/Users/GFenn' or whatever 
$ 

(причина второго PYTHONPATH придаток, что NetworKit является каталогом вещей, с фактическим модулем networkit внутри него [и называет объекты в NetworKit, так что вы не можете просто двигаться networkit вместо целого NetworKit ]!)

Шаг 9: подтвердить успех. Закройте терминал и снова закройте. Перейдите в новый каталог вдали от загрузок и от MyPython3Modules и посмотрите:

$ cd ~ 
$ cd Documents/Junk_dir # Junk_dir is a boring folder in Documents 
$ python3 
>>> import networkit 
/usr/local/Cellar/python3/3.5.2_3/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/lib/python3.5/site-packages/IPython/html.py:14: ShimWarning: The `IPython.html` package has been deprecated. You should import from `notebook` instead. `IPython.html.widgets` has moved to `ipywidgets`. 
"`IPython.html.widgets` has moved to `ipywidgets`.", ShimWarning) 
>>> G = networkit.Graph(5) # etc 
>>> # all good 
>>> quit() 
$ 

Надеюсь, это руководство помогло.