R-исполнение кода с использованием: system time()

Question

У меня есть код, который я портировал из Matlab в R. Я хочу сравнить их производительность.

Однако у меня возникла проблема: использование system.time() в R, но я получаю разные результаты для одного и того же кода. Это должно произойти? Как мне это сравнить?

Answer 1

Вы получите разные результаты, если у вас будет время запустить 100-метровый спринт! На компьютере много вещей, которые будут немного отличаться от времени, необходимого для запуска вашего кода.

Решение заключается в том, чтобы запускать код много раз. R-пакет benchmark - это то, что вы ищете.

Answer 2

Как @Justin сказал, времена всегда будут меняться. Особенно в первый раз пару раз, так как система сбора мусора не приспособилась к вашему конкретному использованию. Может быть хорошей идеей перезапустить R перед измерением (и закрыть другие программы, убедиться, что система не сканирует на вирусы в это время и т. Д.).

Обратите внимание, что если измеренное время мало (доли вторая), относительная ошибка будет довольно большой, поэтому постарайтесь отрегулировать проблему, чтобы она занимала не менее секунды.

Пакеты benchmark или rbenchmark могут помочь.

... но я обычно просто делаю цикл вокруг проблемы и настраиваю его, пока он не займет секунду или около того, - и затем я запускаю его несколько раз.

Вот пример:

f <- function(x, y) { 
    sum <- 1 
    for (i in seq_along(x)) sum <- x[[i]] + y[[i]] * sum 
    sum 
} 

n <- 10000 
x <- 1:n + 0.5 
y <- -1:-n + 0.5 
system.time(f(x,y)) # 0.02-0.03 secs 

system.time(for(i in 1:100) f(x,y)) # 1.56-1.59 secs 

... так называть его в 100 раз уменьшить относительную погрешность много.