R, читающий список смежности из файла

Question

У меня есть файл output.csv со списком смежности графа. Он находится в следующем формате:

Каждая строка начинается с исходного узла (который является целым числом), за которым следуют узлы, к которым он подключен. Узлы отделенны друг от друга и от исходного узла через пробел (»«) сепаратор ..

Снимок выглядит следующим образом:

0 2 5 8 
1 2 7 4 6 
2 0 1 
3 4 7 8 
4 1 3 

Я хочу, чтобы прочитать это в виде списка смежности и используйте его для построения в графике. Каков самый простой способ сделать это? Спасибо ..

Answer 1

Ваши данные не являются надлежащим списком смежности, потому что отсутствуют списки для 5-8. Поэтому я просто удалил эти вершины из вашего списка.

Igraph имеет функцию для создания графика из списка смежности, поэтому вам просто нужно прочитать данные и создать граф из списка смежности с помощью graph.adjlist. Вот один из способов сделать это, не обязательно самый простой:

## magrittr for the %>% pipes 
library(magrittr) 
library(igraph) 

## sample data 
text <- "0 2\n1 2 4\n2 0 1\n3 4\n4 1 3" 

## read in as lines, replace textConnection(text) with your file name 
lines <- readLines(textConnection(text)) 

g <- lines %>% 
    strsplit(split = " ") %>%  # 1 
    lapply(as.numeric) %>%  # 2 
    lapply(extract, -1) %>%  # 3 
    lapply(add, 1) %>%   # 4 
    graph.adjlist(mode = "all") # 5 

g 
#> IGRAPH U--- 5 4 -- 
#> + edges: 
#> [1] 1--3 2--3 2--5 4--5 

Некоторые объяснения для длинных шагов труб:

1. Разобьем линии на отдельных пространствах.
2. Преобразуйте их в числовые.
3. Отбросьте первое число из каждой строки, это не обязательно для graph.adjlist.
4. Добавьте один ко всем номерам, так как идентификаторы вершин igraph начинаются с одного, ваш, кажется, начинается с нуля.
5. Позвоните graph.adjlist, чтобы создать неориентированный граф.