Названия столбцов R gsub во всех кадрах данных в списке

Question

У меня есть список фреймов данных с именами столбцов, которые я хочу заменить некоторыми строками, но я не могу сделать это правильно.

list: 
[1] 
cpg value.TCGA.06.5415.01A  value.TCGA.02.0003.01A value.TCGA.16.1062.01A 
cg02726808 0.934641544 NA NA 
cg04243127 0.8828403 NA NA 
[2] 
cpg value.TCGA.QH.A6CV.01A value.TCGA.E1.A7Z4.01A value.TCGA.E1.5303.01A 
cg02726808 0.938556343 0.92163563 0.959269597 
cg04243127 0.886928811 0.842963126 0.937700666 
[N] 
..... 

Desired output: 
    list:   
[1]   
cpg 06.5415.01A 02.0003.01A 16.1062.01A 
cg02726808 0.934641544 NA NA 
cg04243127 0.8828403 NA NA 
[2]   
cpg QH.A6CV.01A E1.A7Z4.01A E1.5303.01A 
cg02726808 0.938556343 0.92163563 0.959269597 
cg04243127 0.886928811 0.842963126 0.937700666 
[N]   
..... 

Я попытался написать следующее:

lapply(lst, function(x) { gsub("value.TCGA.", "", colnames(lst[[x]]))}) 

Ошибка в R Студия:

Error in llis1[[xy]] : invalid subscript type 'list' 
Called from: is.data.frame(x) 
Browse[1]> 

И я не понимаю, что это о. Спасибо за вашу помощь.

Answer 1

Мы можем использовать setNames для замены имен столбцов на новые имена столбцов от sub.

lapply(lst, function(x) setNames(x, sub("value.TCGA.", "", names(x)))) 

---

Или другой вариант substring если 'value.TCGA. позиция одинакова во всех именах столбцов, кроме первого.

lapply(lst, function(x) setNames(x, c("cpg", substring(names(x)[-1], 12))) 

Answer 2

Попробуйте

lapply(lst, function(x) { 
    colnames(x) <- gsub("value.TCGA.", "", colnames(x)) 
    return(x) 
}) 

x в этом случае является элементом lst, а не индекс элемента lst. Итак, в вашем коде вы пытаетесь сделать lst[[ lst[[1]] ]]. Отсюда сообщение об ошибке должно иметь смысл.