Построение графика контраста из набора данных с использованием R

Question

У меня есть набор данных (1000+ животных) из двух сезонов (зима и лето) и хотел бы продемонстрировать различия в шаблоне длины гестации (дней) в этих два сезона. Мои данные похожа на это:

id <- c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10) 
season <- c(1,1,2,2,1,2,1,1,2,1) 
gest <- c(114,NA,123,116,NA,120,110,NA,116,119) 

data <- cbind(id,season,gest) 

Я хотел бы иметь что-то вроде этого:

http://had.co.nz/ggplot2/graphics/55078149a733dd1a0b42a57faf847036.png

или любой подобной формы графика, который дал бы мне хороший контраст.

Спасибо за вашу помощь,

Bazon

Answer 1

Этот конкретный сюжет, который вы использовали связанные ggplot2. Я не очень хорошо использовать его, так что я покажу вам, как сделать это с базовой графикой

data <- as.data.frame(data) 
d1 <- density(data$gest[which(data$season==1)], na.rm=TRUE) 
d2 <- density(data$gest[which(data$season==2)], na.rm=TRUE) 
plot(d1, ylim=c(0, max(d1$y,d2$y)), xlim=range(c(d1$x, d2$x)), 
    main="Length of gestation", xlab="Length (days)", col="blue", lwd=2) 
polygon(d1$x, d1$y, col=rgb(0, 0, 1, 0.5), lty=0) 
points(d2, t="l", col="red", lwd=2) 
polygon(d2$x, d2$y, col=rgb(1, 0, 0, 0.5), lty=0) 

Альтернативно проверить densityplot функции lattice пакета, хотя я не уверен, как заполнять в строках.

PS: Ваш набор данных невелик? Плотность участков, вероятно, не путь, если это так (а диаграмма рассеяния будет лучше)

EDIT

Если вы хотите сделать это с помощью гистограмм вы можете сделать что-то вроде:

hist(data$gest[which(data$season==1)], main="Length of gestation", 
    xlab="Length (days)", col=rgb(0, 0, 1, 0.5)) 
# Note the add=TRUE parameter to superimpose the histograms 
hist(data$gest[which(data$season==2)], col=rgb(1, 0, 0, 0.5), add=TRUE) 

Answer 2

Существует тип диаграммы часто используется для отображения данных демографических и, в частности, для непосредственно контрастных две группы, в которых вы хотели бы подчеркнуть сравнение подгруппы, которые содержат обе группы, которые идентичны друг другу по некоторым или всем переменным, отличным от контекста демографии, наиболее распространенным применением является возрастная структура мужчин по сравнению с женщинами. Кажется, это может быть хорошим кандидатом для эффективной визуализации ваших данных.

Нижеприведенный график был создан с использованием базового графического пакета в R и (отличного) пакета R SVGAnnotatio n, Duncan Temple Lang, для создания интерактивных элементов (путем повторного рендеринга изображения в SVG и последующей обработки результирующий XML).

(Хотя сюжет был создан с использованием R и SVGAnnotate, изображение ниже приведено в правительстве Великобритании Site).

Answer 3

library(ggplot2) 
df <- data.frame(id=id,season=season,gest=gest) 
qplot(gest,data=df,geom="density",fill=season,alpha=I(0.2)) 

Это должно дать что-то похожее на этот пример, но вы можете сыграть с параметром alpha, чтобы получить прозрачность справа.