Вы можете настроить фильтр списка каталогов (в View menu).
Фильтр соблюдается даже во время передач.
Небольшой недостаток заключается в том, что фильтр является постоянной установкой. Таким образом, вы должны вернуться после передачи и отключить его. Фильтр также относительно сложный для настройки.
Если вы предпочитаете фильтр временного типа для передачи, вам, вероятно, придется использовать другого клиента.
Например, WinSCP, filter is part of transfer settings. В WinSCP (хотя возможны и постоянные пресеты), вы можете настроить специальные настройки (включая фильтр) для каждой передачи.
(Я являюсь автором WinSCP)