f2py - предотвратить переупорядочение массива

Question

У меня есть массив, который считывается из подпрограммы fortran как 1D-массив через f2py. Тогда в питоне, что массив получает реорганизован:

a=np.zeros(nx*ny*nz) 
read_fortran_array(a) 
a=a.reshape(nz,ny,nx) #in fortran, the order is a(nx,ny,nz), C/Python it is reversed 

Теперь я хотел бы передать этот массив обратно в FORtran в качестве 3D-массива.

some_data=fortran_routine(a) 

Проблема в том, что f2py продолжает пытаться транспонировать a перед передачей fortran_routine. Фортран процедура выглядит следующим образом:

subroutine fortran_routine(nx,ny,nz,a,b) 
real a 
real b 
integer nx,ny,nz 
!f2py intent(hidden) nx,ny,nz 
!f2py intent(in) a 
!f2py intent(out) b 
... 
end subroutine 

Как предотвратить все Транспонирование назад и вперед? (Я полностью счастлив использовать различные соглашения индексирования массива на двух языках).

EDIT

кажется, что np.asfortranarray или np.flags.f_contiguous должны иметь какую-то часть в решении, я просто не могу показаться, чтобы выяснить, какая часть, которая является (или может быть ravel с последующим reshape(shape,order='F')?

EDIT

кажется, этот пост вызвало некоторое замешательство. проблема здесь состоит в том, что f2py попытки сохранить индексная схема вместо расположение памяти. Итак, если у меня есть массив numpy (в порядке C) с формой (nz, ny, nx), то f2py пытается сделать массив в форме forform тоже (nz, ny, nx). Если f2py сохранял формат памяти, массив имел бы форму (nz, ny, nx) в python и (nx, ny ,nz) в fortran. Я хочу сохранить макет памяти.

Answer 1

Похоже, что ответ является достаточно простой:

b=np.ravel(a).reshape(tuple(reversed(a.shape)),order='F') 

работы, но, видимо, это то же самое, как:

b=a.T 

поскольку транспонирования возвращает представление и быстрый взгляд на b.flags по сравнению с a.flags показывает, что это то, что я хочу. (b.flags - F_CONTIGUOUS).

Answer 2

Fortran не отменяет порядок оси, он просто хранит данные в памяти иначе, чем C/Python. Вы можете указать numpy для хранения данных в порядке Fortran, который не совпадает с обращением осей.

Я хотел бы переписать код, как это

a=np.zeros(nx*ny*nz) 
read_fortran_array(a) 
a=a.reshape(nx,ny,nz, order='F') # It is now in Fortran order 

Теперь f2py не будет пытаться изменить порядок массива при прохождении.

Как примечание стороны, это также будет работать

a=a.reshape(nx,ny,nz) # Store in C order 

, потому что за кулисами, f2py выполняет эти операции при передаче массива C-заказ на Fortran рутина:

a=a.flatten() # Flatten array (Make 1-D) 
a=a.reshape(nx,ny,nz, order='F') # Place into Fortran order 

Но конечно, более эффективно хранить в порядке Fortran с самого начала.

В общем, вам не придется беспокоиться о заказе массива, если у вас нет критически важного раздела, потому что f2py позаботится об этом для вас.