проблемы с компилятором knitr с RStudio (windows)

Question

У меня есть файл Rnw, основанный на knitr, который отлично компилирует в pdf в RStudio на mac (v0.97.316) и knitr (v1.1), но в окнах enviornment (те же версии) Я получаю ошибку компиляции. Я проверил параметры в RStudio в обеих средах, и они совместимы.

Похоже, что установка Windows всегда впрыскивает: "\ SweaveOpts {concordance = TRUE}" в файл .tex, даже если у меня нет такого флага в файле Rnw и/или если я переключу настройки в настройках и/или если я добавлю опции opts_knit $ set (concordance = FALSE) в блок настройки knitr. Если я удаляю строку из файла «.tex» и компилирую ее вручную в приглашении cmd, результат генерируется как ожидалось.

Я не уверен, что это проблема RStudio или knitr, но любые указатели будут оценены.

Примечание. Я также разместил этот вопрос на плате поддержки RStudio (http://support.rstudio.org/help/discussions/problems/5039-knitr-compile-problems-with-rstudio-windows?unresolve=true).

Answer 1

Причина, по которой он был инъекционным \SweaveOpts{concordance=TRUE}, вероятно, будет ваш ткач был Sweave вместо knitr, и вы также позволили RNW конкордантность: http://www.rstudio.com/ide/docs/authoring/rnw_weave Но я не могу точно сказать, что это не ошибка для версии Windows, в RStudio. Во всяком случае, это легко проверить, если это RStudio проблема - открыть Compile PDF панель, и вы должны увидеть журнал, как это:

Если ткач был Sweave, вы увидите что-то вроде этого вместо :

Это моя конфигурация (я под Ubuntu):

Действительно, если вы используете knitr, и RStudio по-прежнему вставляет \SweaveOpts{concordance=TRUE}, я думаю, это должна быть ошибка RStudio.

Answer 2

У меня была такая же проблема, даже если для «Weave Rnw files using» по умолчанию была установлена ​​knitr.

Я решил это, выбрав Инструменты/Глобальные параметры/Sweave и установив «Weave Rnw files using» на Sweave и нажав Ok. Затем я вернулся и установил его обратно на knitr, и теперь все работает отлично.

Я предполагаю, что это был действительно Rstudio ошибка

Answer 3

Я столкнулся с этой проблемой с «R CMD построить KFAS-мастер» скачал 2016-04-24 как «KFAS-master.zip», нажав кнопку «Загрузить ZIP» из KFAS на GitHub (https://github.com/helske/KFAS). Я не могу воспроизвести проблему, но работа, которую я использовал, заключалась в том, чтобы найти строку, указанную во всплывающем окне (скопировано ниже), и прокомментировать ее, указав ее «%%».

После его загрузки я распаковал его и изменил имя папки на «KFAS». Затем я получил командную строку и перешел в каталог, содержащий KFAS-главную папку, переименованную как KFAS. На этот раз «R CMD build KFAS» работал так, как ожидалось. Затем я открыл ~ KFAS/vignettes/KFAS.Rmw в RStudio 0.99.893, текущую версию с 2016-04-26. Я что-то изменил и сохранил результат. Когда я повторил «R CMD build KFAS», у меня возникла проблема, изображенная на изображении ниже.

Jouni Helske направил меня на это сообщение. Я прокомментировал строку 69, указанную на скриншоте снизу, добавив «%%» в «\ SweaveOpts {concordance = TRUE}». Я сохранил результат, и «R CMD build KFAS» работал.

Кажется, что-то иногда вставляется строка в виде «\ SweaveOpts {concordance = TRUE}» в файл * .Rnw, но я не знаю, что это такое. Я запускаю R 3.2.4 на MacBook Pro с OS X 10.11.2.

Благодаря Yihui и другим для более ранних сообщений в этой теме.

screen shot showing pop-up complaining, "It seems you are using the Sweave-specific syntax in line(s) 69... ."