вызовите RMarkdown в командной строке, используя a.R, которому передан файл

Question

Таким образом, я использую свой сценарий «Graphs.R» на «input_file1.txt» в RStudio для создания Rmd, который я затем вязал в html. Я хотел бы автоматизировать этот процесс для запуска большего количества файлов в командной строке.

До сих пор, я могу получить Rscript запустить из командной строки с помощью:

Rscript Graphs.R input_file1.txt

Я также знаю, что я могу создать файл .RMD с помощью:

Rscript -e rmarkdown :: Render (Graphs.R)

Однако, я хотел бы сделать следующее:

Rscript -e rmarkdown :: Render ('Graphs.R input_file1.txt', 'output_file.Rmd')

есть ли идеи как это сделать?

Answer 1

Не совсем понятно, что вы пытаетесь сделать. Кажется, у вас есть текстовый файл, который нужно преобразовать в Rmd с помощью R-скрипта (почему это не просто Rmd для начала?), А затем вы хотите отобразить Rmd. Вы можете сделать это, выполнив следующие команды в терминале:

Rscript Graphs.R 
Rscript -e "rmarkdown::render('output_file.Rmd')" 

Первая команда запускает Graphs.R файл, который предположительно генерирует output_file.Rmd. Вторая команда запускает однострочный, который вставляет output_file.Rmd в output_file.html.

Если вы хотите прочитать аргументы командной строки в R-файле, попробуйте? commandArgs.

args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE) 

Также см. Это Stack Overflow question.