2016-07-18 5 views
6

У меня есть версия для дома R, установленная на моем Mac (OS X, El Capitan 10.11.5). Я использую rscript успешно уже около двух недель. Однако, когда я попытался запустить скрипт утром с помощью rscript file.r, я получаю следующее сообщение об ошибке:Ошибка при использовании rscript

/usr/local/Cellar/r/3.3.1/R.framework/Versions/3.3/Resources/bin/R: line 209: /usr/local/Library/ENV/4.3/sed: No such file or directory

/usr/local/Cellar/r/3.3.1/R.framework/Versions/3.3/Resources/bin/R: line 209: /usr/local/Library/ENV/4.3/sed: No such file or directory

Fatal error: cannot open file '': No such file or directory

(.. То есть полная ошибка Да, оказывается в два раза, это не опечатка)

После получения этой ошибки я попытался удалить и переустановить r с помощью homebrew. Я получаю ту же ошибку. Единственный другой пакет, который я установил после последнего использования rscript (насколько мне известно) - pspp, но я не вижу причин, почему это должно было повлиять на rscript.

Конечно, ошибка говорит о том, что файл /usr/local/Library/ENF/4.3/sed не найден. При проверке /usr/local/library это, конечно, правда, но я не знаю, как правильно это исправить. Кажется, что rscript просто пытается получить доступ к sed, который поступает на OS X.

Любые идеи о том, что я могу сделать?

Это было обнаружено как ошибка, содержащаяся в Homebrew/science. Сообщение об ошибке можно найти здесь: https://github.com/Homebrew/homebrew-science/issues/3839

Временный фикс для этого (проверено на OS X, по состоянию на 07-19-2016 12:54 центральной) от ck37 на GitHub:

mkdir /usr/local/Library/ENV 
ln -s /usr/local/Library/Homebrew/shims/super/ /usr/local/Library/ENV/4.3 
+0

Вы вызываете sed в файле file.r? – Roland

+0

вы можете получить доступ к утилите 'sed' вне этого скрипта. i.e из вашего приглашения unix. Похож на проблему с переменной среды PATH? – chidori

+1

Дубликат http://stackoverflow.com/q/38440350/1968 –

ответ

3

Вместо делая символические ссылки как временное исправление, и до тех пор, пока не будет установлена ​​бутылка r. Короткий ответ - brew reinstall -s r.

Я разместил это answer (с объяснением, почему это происходит) на вопрос duplicate, который решил эту проблему для меня.

Смежные вопросы