Добавить метаданные в объект Seurat

Question

Я работаю с пакетом R под названием «Seurat» для одноядерного анализа РНК-Seq. Я пытаюсь добавить информацию метаданных об отдельных образцах ячеек в объект Seurat. Но команды построения нисходящего потока не работают. Мне интересно, знает ли кто-нибудь, как я могу проверить модифицированный объект Seurat, чтобы подтвердить, что метаданные были добавлены в правильный слот и столбец.

Для добавления метаданных я использовал следующие команды.

Сначала я извлекал имена ячеек от объекта сыщик

> Cells <- WhichCells(sleuth_object) 

Затем я создал список морфологический определенных типов клеток с использованием номеров, 1-3 это ПРИМЕЧАНИЕ: список гораздо длиннее, но сокращенно как первый 3 здесь

> MorphCellTypes = c(1,2,3) 

Затем я слился клетки и MorphCellTypes вместе как data.frame

> MorphCellTypesDF = data.frame(Cells, MorphCellTypes) 

Тогда я попытался добавить MorphCellTypesDF метаданные объекта сыщик, используя следующую команду, которая успешно выбежала

> AddMetaData(Sleuth_object, MorphCellTypesDF, col.name = MorphCellTypes 

Затем я попытался визуализировать его TSNEPlot с помощью следующей команды

> TSNEPlot(pbmc, do.label = TRUE, pt.size = 3, group.by = MorphCellTypes 

Это возвратил после ошибки:

“Error in DimPlot(object, reduction.use = "tsne", cells.use = cells.use, : 
    object 'MorphCellTypes' not found” 

Таким образом, я думаю, что я либо добавляю метаданные в неправильное место в моем слоте uth или я как-то испортил col.name. В любом случае представляется, что я неправильно использую функции AddMetaData или TSNEPlot(). Если вы случайно заметите ошибку или можете указать мне пример использования AddMetaData, это будет очень оценено.

Answer 1

После долгих проб и ошибок я нашел способ успешно добавить столбцы экспериментальных метаданных. Трюк состоял в том, чтобы сохранить правильное форматирование из объекта Seurat при добавлении ваших данных. Я сделал это, скопировав таблицу pbmc@data.info, а затем изменив ее, добавив к ней столбец. Затем импортируйте измененную таблицу обратно в Seurat. Следующий код добавляет столбец случайных чисел, называемых Gene_ID, к объекту Seurat в слоте pbmc@data.info. Затем он проверяет добавление этих данных с визуализацией.

CellsMeta = pbmc@data.info 
head(CellsMeta) 

randomnumbers <- runif(2700, 0.0, 1.1) 

CellsMeta["Gene_IDs"] <- randomnumbers 
head(CellsMeta) 

CellsMetaTrim <- subset(CellsMeta, select = c("Gene_IDs")) 
head(CellsMetaTrim) 

pbmc <- AddMetaData(pbmc, CellsMetaTrim) 

head(pbmc@data.info) 

VlnPlot(pbmc, c("nGene", "nUMI", "Gene_IDs"), nCol = 3)