SciPy не удается установить через pip

Question

Я пытаюсь установить SciPy с пипсом на окружение SLURM. NumPy и некоторые другие модули python уже установлены и работают нормально.

Однако, когда я бегу:

pip2.7 install --user --use-wheel scipy

или

pip2.7 install --user scipy

Я всегда получаю огромную стену текста заканчивая:

error: Command "/sw/compiler/gcc-4.9.3/bin/gfortran -Wall -g -shared -Wall -g -shared -shared build/temp.linux-x86_64-2.7/scipy/integrate/_odepackmodule.o -L/sw/env/gcc-4.9.3_openmpi-1.8.8/pkgsrc/2015Q4/lib -L/sw/env/gcc-4.9.3_openmpi-1.8.8/pkgsrc/2015Q4/lib -Lbuild/temp.linux-x86_64-2.7 -lodepack -lmach -llapack -lblas -lpython2.7 -lgfortran -o build/lib.linux-x86_64-2.7/scipy/integrate/_odepack.so" failed with exit status 1

---

Command "/sw/env/gcc-4.9.3_openmpi-1.8.8/pkgsrc/2015Q4/bin/python2.7 -c "import setuptools, tokenize;file='/work/tmp/node001.admin.2016-02-09-015538.intx033.31602/pip-build-fORQns/scipy/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(file).read().replace('\r\n', '\n'), file, 'exec'))" install --record /work/tmp/node001.admin.2016-02-09-015538.intx033.31602/pip-7oTcK5-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile --user --prefix=" failed with error code 1 in /work/tmp/node001.admin.2016-02-09-015538.intx033.31602/pip-build-fORQns/scipy

К сожалению, я не знаю, что это должно сказать мне ... какие-нибудь идеи?

Answer 1

Для компиляции scipy вам нужны компиляторы C, C++ и fortran и библиотеки BLAS/LAPACK. Самый простой вариант - это, вероятно, gcc + gfortran + готовый атлас, который должен работать. Для производительности, esp с линейной алгеброй, вам может понадобиться изучить Intel MKL или OpenBLAS.

Answer 2

вместо использования gfortran пакетов, я рекомендую установить SciPy с помощью научного пакета: Python XY Anaconda (supports virtual env)