Эффективный метод поиска элементов в матрице MATLAB

Question

Я хотел бы знать, как можно обработать узкое место в данном фрагменте кода.

%% Points is an Nx3 matrix having the coordinates of N points where N ~ 10^6 
Z = points(:,3) 
listZ = (Z >= a & Z < b); % Bottleneck 
np = sum(listZ); % For later usage 
slice = points(listZ,:); 

В настоящее время для N ~ 10^6, np ~ 1000 и number of calls to this part of code = 1000, утверждение узкого места занимает около 10 секунд, в общей сложности, который представляет собой большой кусок времени по сравнению с остальной частью моего кода.

Некоторые больше скриншотов кода образца для только заявления индексации в соответствии с просьбой @EitanT

Answer 1

Если равенство с одной стороны, не важно, вы можете переформулировать его одностороннюю сравнения и получает на порядок быстрее:

Z = rand(1e6,3); 
a=0.5; b=0.6; 
c=(a+b)/2; 
d=abs(a-b)/2; 
tic 
for k=1:100, 
    listZ1 = (Z >= a & Z < b); % Bottleneck 
end 
toc 

tic 
for k=1:100, 
    listZ2 = (abs(Z-c)<d); 
end 
toc 

isequal(listZ1, listZ2) 

возвращается

Elapsed time is 5.567460 seconds. 
Elapsed time is 0.625646 seconds. 

ans = 

    1 

Answer 2

Попробуйте сделать что-то вроде этого:

for i = 1:1000 
    x = (a >= 0.5); 
    x = (x < 0.6); 
end 

Я нашел это быстрее:

for i = 1:1000 
    x = (a >= 0.5 & a < 0.6); 
end 

примерно 4 секунды:

Elapsed time is 0.985001 seconds. (first one) 
Elapsed time is 4.888243 seconds. (second one) 

Я думаю, что причина для замедления является поэлементно & операции.

Answer 3

Предполагая наихудшего случая:

• поэлементно & не является коротким замыканием внутри
• сравнений являются однопоточными

Вы делаете 2*1e6*1e3 = 2e9 сравнения в ~ 10 секунд , Это ~ 200 миллионов сравнений в секунду (~ 200 MFLOPS).

Учитывая, что вы можете сделать 1.7 GFLops on a single core, это действительно кажется довольно низким.

Вы используете Windows 7? Если да, проверили ли вы свои настройки мощности? Вы находитесь на мобильном процессоре, поэтому я ожидаю, что по умолчанию будет существовать некоторая схема потребления низкой мощности. Это позволяет окнам масштабировать скорость обработки, поэтому ... проверьте это.

Кроме этого .... У меня действительно нет подсказки.