Я пытаюсь найти инструмент для визуализации соединений между конкретными точками. У меня есть куча точек данных, которые иногда связаны друг с другом, я хочу создать карту этих подключений - может быть, примерно так: 
Визуализация соединений - python, R, matlab?
У вас есть какие-либо советы или предложения по применению такого инструмента? Возможно, есть модуль или функция в python, R или matlab, которые могут выполнить эту задачу.
Некоторые больше информации на LinkedIn InMaps (закрыт Sep 2014):
http://www.quora.com/What-graphing-algorithm-does-Linkedin-inMaps-use
Раскладка оптимизированный алгоритм Barnes-Hut, а цвета собраны с использованием оптимизации Louvain модульности , В то время как мы определенно играли с Gephi для некоторых более ранних макетов проекта , окончательная версия не использует его.
InMaps использует Hadoop/Pig, Ruby, Voldemort, Java и обрабатывает для вычисление сложных карт и обработки изображений. Виджет исследования основан на Javascript и библиотеках с открытым исходным кодом Seadragon и RaphaelJS.
Матье Бастьен, один из основных программистов, имеет техническую презентацию здесь:
http://www.slideshare.net/linkedin/linkedin-meetup-inmaps
и он также является одним из основных программатор для Gephi, GUI изображая с открытым исходным кодом:
Пакет igraph для R или модуль python networkx - хорошие места для начала, но они должны были появиться в поиске Google (или даже SO). вы также можете использовать gephi, поскольку это не требует навыков программирования. – hrbrmstr
выглядит как проблема GraphViz - посмотрите на модуль pydot, https://pypi.python.org/pypi/pydot –
GraphViz определенно тот, который я бы рекомендовал. Вот реализация в MATLAB, где кто-то попытался имитировать то, что он выглядит полностью автономным в MATLAB: http://matlabtools.googlecode.com/svn/trunk/graphics/drawGraph.m – rayryeng