У меня есть сценарий R, который выполняет анализ на одной хромосоме. Я хочу запустить этот скрипт несколько раз для каждой хромосомы (1-22, X и Y). Прямо сейчас у меня есть сценарий, настроенный для принятия одного аргумента из командной строки, номера хромосомы. Я хочу отправить несколько заданий на мой сервер параллельно, поскольку анализ для одной хромосомы занимает несколько часов. После того, как я начал играть с некоторыми опциями и все погулять, я все еще не уверен, что лучший вариант, поскольку я никогда не отправлял задания параллельно серверу (сервер Sun Grid Engine). Я посмотрел на GNU parallel, но я не уверен, как его использовать или даже работает для R-скриптов. Может быть, бросить все в сценарий оболочки и отправить его на сервер? Это довольно простой вопрос, но любое направление будет принята с благодарностью!Выполнять несколько сценариев R параллельно с аргументами командной строки
ответ
parallel Rscript plot_LRR_BAF_chromosome_parallel ::: {1..22} X Y
Эта команда работает нормально при вызове из командной строки. Я пытаюсь отправить его на сервер, но когда я вызываю его из сценария .sh или непосредственно из qsub
Показать пример того, как обычно вы работаете qsub. –
с помощью GNU сделать с опцией -j, замените __CHROM__ в вашем R сценария с именем хромосомы.
chroms=1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
define method1
$$(addsuffix .out,$(1)) : script.R
cat $$< | sed 's/__CHROM__/$(1)/g' | R --nosave > [email protected]
endef
all: $(addsuffix .out,$(chroms))
$(foreach C, $(chroms),$(eval $(call method1, $(C))))
- 1. Как выполнять итерации сценариев из командной строки?
- 2. Выполнять несколько сценариев параллельно с помощью сценария оболочки
- 3. Выполняйте несколько сценариев параллельно
- 4. Выполнять несколько NSOperations параллельно
- 5. Выполнять несколько приложений параллельно?
- 6. выполнять несколько функций параллельно
- 7. Выполнять несколько потоков параллельно через командную строку
- 8. Невозможно запустить несколько сценариев параллельно
- 9. Проблемы с аргументами командной строки
- 10. Выполнять несколько команд командной строки командной строки в ruby
- 11. Викинг с аргументами командной строки
- 12. Unittest с аргументами командной строки
- 13. Fabfiles с аргументами командной строки
- 14. Makefile с аргументами командной строки
- 15. Выполнять несколько сценариев python одновременно
- 16. Выполнять несколько сценариев Python одновременно с PHP
- 17. Использование R для запуска Python с аргументами командной строки
- 18. Вызов сценария R с аргументами командной строки из Python rpy2
- 19. Разбор параметров командной строки с несколькими аргументами
- 20. Bash несколько аргументов командной строки
- 21. GNU параллельно с двумя аргументами
- 22. Создание ярлыка с аргументами командной строки
- 23. Программа запуска Autohotkey с аргументами командной строки
- 24. Работа с аргументами командной строки и весной
- 25. Запуск моей программы с аргументами командной строки
- 26. Создания питона модуль с аргументами командной строки
- 27. Запустить файл jar с аргументами командной строки
- 28. Настройка конфигурации контейнера с аргументами командной строки
- 29. автономный скрипт Mayavi2 с аргументами командной строки
- 30. Lua os.execute с аргументами командной строки
Читали https://www.biostars.org/p/63816/ pi.dk/1 pi.dk/4 –
Показать пример кода, как вы делаете сейчас. –
Да, сейчас я открываю это окно прямо сейчас. Итак, такой подход будет работать с R-скриптами? Прямо сейчас у меня нет ничего, что я просто знаю. Я могу запустить свой скрипт с аргументом типа Rscript plot_LRR_BAF_chromosome_parallel. ' –
kinsigne