Red underline (ошибка) в Perl

Я работаю над проектом в Perl для биоинформатики. Мы должны создать файл (в данном случае chrom_seq.txt), а затем получить Perl для его чтения. Тем не менее, я думаю, что Terminal не распознает файл, потому что я получаю сообщение об ошибке, соответствующее h в файле chrom_seq.txt, и весь бит отображается красным цветом. Я попытался переименовать имя файла и создать новые копии файла, без везения. Предложения?Red underline (ошибка) в Perl

# PatMatch.txt => takes DNA sequence from user 
# and returns the reverse complement 
open ($DNA_Chromosome, “chrom_seq.txt”); 
# Remove non-ATGC characters from strings 
$DNA_Query =~ s/[^ATGC]//g; 
$DNA_Chromosome =~ s/[^ATGC]//g;

источник

2015-05-17 Robyn

Какая ошибка у вас возникла? Что было отображено красным? Вы действительно использовали '' 'и' '' вместо двойных кавычек? Вы всегда должны проверять, удалось ли открыть, если только с помощью 'open (...) или die ($!);'. – ikegami

попытайтесь добавить пример ввода и ожидаемый результат –

Привет, ошибка, которую я получаю, это «Unrecognized character \ xE2; отмечена <- ЗДЕСЬ после ромсомы», <- ЗДЕСЬ возле столбца 24 на странице PatMatch.txt 3. " chrom_seq.txt открывается самостоятельно из терминала. Я попытался манипулировать «s», как предложил ikegami, без новых результатов. – Robyn

Диагностика - есть что-то рыбное с котировками - украденное из икегами и кетов.

Общий совет: для устранения неполадок уменьшите сложность. Используйте

use strict; 
use warnings; 

#print “chrom_seq.txt”; # error: Unrecognized character \x93 in column 7 at 30282450.pl line 4. 
#print 'chrom_seq.txt'; # 'works' 
print qw(chrom_seq.txt); # last resort

выход:

perl 30282450.pl 
chrom_seq.txt

, чтобы получить уверенность в диагнозе.

Устранение: используйте достойный редактор (шестнадцатеричный вид, кодирование) и не копируйте/не вставляйте его из источников в причудливых форматах (например, в формате PDF).

источник

2015-05-17 05:36:51

Red underline (ошибка) в Perl

ответ

Смежные вопросы